侧扫声呐是一个独立的调查设备，一般由换能器拖鱼模块和甲板控制单元模块组成。如果是在水深大于50m区域作业时，考虑到拖鱼定位的精度，一般还需要增加拖缆绞车和水下定位模块。作业时，将拖鱼从船侧或者船尾放入水，用拖缆控制拖鱼离底高度，同时利用水下定位实时提供拖鱼位置。图4-10为侧扫声呐测量作业的示意。
图4-10 侧扫声呐测量作业示意图
而在实际路由勘察中，除了如水深小于10m水深较浅区域外，水深较深区域一般都采用和其他调查设备模块同一个拖体模式进行，最常用的就是侧扫声呐换能器和浅剖仪换能器共用一个拖体，两者同时进行作业，提高效率。随着技术的发展，现在其他的模块也经常共用一个拖体，如多波束和磁力仪也都可以整合在一个拖体里面。
在设备安装之后，需要根据调查的技术要求和现场的水深及底质条件，对仪器设备进行充分调试，主要满足：①根据测线间距选择合理的声呐扫描量程，在路由勘察走廊带内至少100%覆盖；②拖鱼距海底的高度控制在扫描量程的10%～20%，当测区水深较浅或海底起伏较大，拖鱼距海底的高度可适当增大；③侧扫声呐图像清晰。(www.xing528.com)
因此，在实际采集作业开始之前，要在测区进行实验性作业，以充分了解测区的底质情况，使设备调整到最佳的工作参数，比如发射频率、发射信号带宽、船速、设备入水深度等。另外，在作业期间采取一切必要措施，降低噪声和其他干扰因素，提高信噪比，保证记录质量。记录过程中要根据底质的变化情况，对测量参数做出必要调整，以达到更好的测量效果。
在作业过程中，要做好班报表的记录，严格按照计划测线进行测量，如果实际测量偏离计划测线过多，需要进行补测或者重测。
调节好记录时间延迟，使同一测线的记录量程一致，同时要做好数据备份。
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