北疆调水工程总干渠、南干渠总长510km，渠道工程调度运行的重点在于确保工程运行安全，难点在于如何利用有限的水源满足用水户日益增长的用水需求。建管局在长期实践的基础上总结出以下调度原则。
（1）“统”，严格纪律，统一调度。
这一原则是所有调度运行管理工作的前提和基础，必须严格遵守。在工程供水运行过程中，我们强调“铁”的纪律，一切行动听指挥，也就是要求严格落实各项规章制度，这一点尤为重要。
（2）“稳”，在正常运行情况下，应尽量保持运行流量的稳定。
干渠运行采用“先小流量低水位贯通，后逐步加大流量抬高水位，以近似明渠均匀流方式运行”的方法；运行中期尽量采取无节制运行的方式，干渠运行流量的调整，主要通过总干进水闸与顶山分水枢纽的协调联动来实现。
（3）“控”，依据工程供水目标，合理调控闸门，尽量满足各方用水需求。
根据目前北疆调水工程的供水目标，我们遵照“确保工业、城镇供水，兼顾沿线灌区用水，尽量满足各方面用水需求”的原则。
1）总干渠沿线布置有三座分水闸，不分汛期还是非汛期，原则上均按需水要求供水。为使整个干渠运行中水位、流量相对稳定，上述三个分水闸的分水流量变动由总干进水闸调控来满足。
2）西干渠分水则充分发挥尾部三个水库的调蓄功能。汛期（4～7月）要按渠道的输水能力和需求最大量供水（大体控制在30m3/s左右）；非汛期（8～10月）原则上以西干渠沿线的需水过程线供水。(www.xing528.com)
3）南干渠分水，汛期（4～7月）供水上限为平原明渠设计输水能力加沿程损失（约27.5m3/s），供水下限为平原三个分水闸分水量总和，多余水量进入“500”水库；非汛期（8～10月）按平原三个分水闸需求尽可能满足供水，“500”水库进水则根据与南干各分水闸分水之间的轻重缓急关系相互协调。
4）平原三个分水闸按相互协调的原则分配水量。三个分水闸需求流量低于25m3/s时，按需水过程线供水；三个分水闸需求流量大于25m3/s时，按年供水比例来分配25m3/s到各分水闸。
5）当小流量低水位运行时，依靠节制闸调节，适当抬高水位尽量满足分水要求，但必须控制好水位的变化。运行过程中，分水流量有较大的调整时，总干进水闸流量应做相应调整，以保证干渠用水，避免渠道水位出现较大波动。
（4）“缓”，流量的增加或减小应缓慢进行，严格控制水位的变幅符合安全要求。
运行过程中，流量调整时应严格控制渠道水位变幅，分级进行、逐步完成。正常停水时，应合理分级调减总干进水闸的引水流量，严格控制水位降落速度。建管局根据北疆调水工程实际情况提出以下标准：调增流量时，2h水位增幅不大于50cm，全天水位增幅不大于100cm；调减流量时，总干渠段2h水位降幅不大于30cm，全天水位降幅不大于50cm。南干渠平原明渠以上段，2h水位降幅不大于20cm，全天水位降幅不大于30cm。平原明渠段，2h水位降幅不大于30cm，全天水位降幅不大于40cm。
（5）“早”，早送水、早停水、早排空、早解决。
在工程具备运行条件前提下，争取早送水；降温前，尽量早停水；停水后，整个渠道早排空；及时维修，工程问题早解决。
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