归有光认为科举之弊有三。
一是败坏世道风俗。“古今取士之途，未有如今之世专为一科者也”，士人“习为应试之文，而徒以博一日之富贵”[36]。“科举之学，驱一世于利禄之中，而成一番人才世道，其弊已极。士方没首濡溺于其间，无复知有人生当为之事。荣辱得丧，缠绵萦系，不可脱解，以至老死而不悟”[37]。古代选拔士人的途径很多，自隋朝开科举，学术成为读书人取得功名利禄的手段。真正以研究学术为目的的考生很少，大多有自己的物质利益诉求，即以功名追求利禄。明代戏曲小说中，出现“学成文武艺，售与帝王家”，正是这种情况的高度概括。这虽是他屡战屡败心态的写照，但主要揭露了科举毒害风俗。
二是败坏吏治。他认为，天下英才绝非品式所能拘束，少年进士有偶然性，极易使其心理膨胀，以为自己无所不能，“侥幸于一日之获，其于文义，尚有不能知者，嚣嚣然自谓已能”[38]。再者，造成学仕分离：“以得第为士之终，而以服官为学之始。士无贤不肖，由科目而进者，终其身可以无营，而显荣可立望，士亦曰，吾事毕矣，故曰士之终。”考试是检验学习的手段，不是学习的终点。科举考试以中进士为最终目的，以当官为学之始。无论贤良还是不肖者，只要出身进士，就可马上获得尊荣地位，那些考试中进士者说，考试完毕，我任务完成了。所以说，在科举制度下，科举中进士是士人读书的终结，造成学术和仕宦分离。
科举考试的内容，不能用于指导行政：“占毕之事不可以莅官也，偶俪之词不可以临民也。士之仕也，犹始入学也，故曰学之始。”科举考试，学非所用，对仗、辞藻、射策、决科，不能用于治官、治民。治官、临民，完全靠其质性修养：柔者怯懦不立，刚者好愎自用，佞者自谋自利，直者肆直忘物，宽者废弛自纵，严者好察不恕。[39]旨在网罗人才的科举制，却造成了吏治腐败。(www.xing528.com)
三是败坏学风。“此学流传，败坏人才，其于世道，为害不浅。夫终日呻吟，不知圣人之书为何物，明言而公叛之，徒以为攫取荣利之资。”[40]终日背诵诵读四书五经，但不知圣人之书为何物，道德仁义，成为士人攫取功名利禄的垫脚石。科举制“行之已二百年，人益巧而法益弊；相与剽剥窃攘，以坏烂熟软之词为工，而六经圣人之言直土梗矣”[41]“科举之学相传久矣。今太学与州县所教士，皆以此也……至于久而天下靡然，习其辞而不复知其原，士以哗世取宠，苟一时之得以自负；而其为文，去圣人之经益以远”[42]。孔子讲，颂诗三百，可授之以政，就是因为诗，不仅仅博物洽闻，而且因为其中有和平之情、慈祥恺悌之政事方法。明开国到嘉靖，二百年来，科举考试成为一门技艺，人们越来越精通其考试过程，互相剽窃，以烂熟之词为精巧，以六经圣人之言当泥塑偶像，士子摇头晃脑地背诵，可是食而不知其味，不知道其原意是什么。有些人有点心得，就自鸣得意，哗众取宠。作文，更不知所写为何物，离六经越来越远。结果“夫今世进士之业滋盛，士不复知有书矣。以不读书而为学，此子路之佞，而孔子之所恶。无怪乎其内不知修己之道，外不知临人之术，纷纷然日竞于荣利，以成流俗，而天下常有乏材之患也”[43]。科举仕进之事越来越盛，士人越来越不知有诗书，以不读书而为学，这当然离真知实学越来越远。如此，既不能修炼品德，又不能治民理事，纷纷争竞奔走于荣华利禄之途，与世俗之人没有什么两样，所以国家就越来越没有人才。
从以上几个方面看，归有光批评科举弊端，比顾炎武、黄宗羲、王夫之要早得多。他通经学古，却屡试不第，许多人为他感到不平和遗憾，认为是“江南未了之事”。王锡爵解释说：“盖天下相率为浮游泛滥之词，靡靡同风，而熙甫深探古人之微言奥旨，发为义理之文，洸洋自恣，小儒不能识。”[44]对归有光评价很高。
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