生物多样性和生态系统服务是保护的两大主要目标。建立自然保护区是保护典型生态系统、生物多样性和拯救珍稀濒危野生动植物的最有效措施。建设自然保护区不仅能够保护物种基因库，而且还能保护森林植被及其组成的生态系统，维持生态平衡和安全。同时，自然保护区具有良好的景观资源，是发展生态旅游的理想场所和开展青少年科普教育的天然活动基地。
我国的自然保护区分为国家级自然保护区和地方各级自然保护区。其中在国内外科学领域上有重大国际影响或者有特殊研究价值的自然保护区，列为“国家级自然保护区”。而自然保护区群主要是指在某种特定生物栖息地保护中，由于其栖息地生境的破碎，在地理分布上的不连续，通过在特定地理区域内建立若干个有联系的保护区，形成一个自然保护区网。
秦岭山系是我国南北气候的分界线，不仅是我国生物多样性保护优先区，还是我国南水北调的主要水源地，生态服务功能十分重要，因此在保护实践中需要兼顾二者的保护需求。自1965年设立秦岭的第一个自然保护区——太白山国家级自然保护区之后，秦岭地区相继建立了佛坪、长青、观音山、周至老县城等一批国家级或省级自然保护区。目前该山系已建立的自然保护区有34处，构成了秦岭自然保护区群，其中国家级自然保护区22处。
佛坪、周至、长青、天华山、桑园、周至老县城、平河梁等国家级自然保护区，以大熊猫及其栖息地为主要保护对象。佛坪、太白山、青木川、黄柏塬、观音山等5处国家级自然保护区的保护对象有大熊猫、羚牛、金丝猴、豹、林麝、红腹角雉等。牛背梁是国内唯一以保护羚牛及其栖息地为主的森林和野生动物类型的国家级自然保护区。周至国家级自然保护区则侧重于保护金丝猴等珍稀动物及其生存环境，是我国金丝猴种群数量最多、分布最集中的地区。
秦岭山自然保护区数量和面积变化趋势图
汉中朱鹮国家级自然保护区，经过30多年的努力，朱鹮种群数量已从1981年5月发现的7只增长到了目前的2000余只。米仓山国家级自然保护区内的猕猴数量占我省猕猴种群总量的一半左右，是我省猕猴数量最集中的地区。还有两处则侧重于植物植被的保护，汉中留坝县的紫柏山国家级自然保护区侧重于山顶上草毯和天坑的保护，被誉为“亚洲第一天坦群落”；化龙山国家级自然保护区森林覆盖率达76.4%，保持了原始、完整的森林生态体系。(www.xing528.com)
根据全国第四次大熊猫调查，陕西秦岭地区野外大熊猫种群数量稳步增长，约345只，其种群数量比第三次调查数量明显增加，年均增长率为2.37%，密度、增幅为全国第一，成为世界上大熊猫种群数量最密集、增速最快的地区；朱鹮作为我省特有的瑞鸟，从1981年洋县发现的7只增加到如今的2000多只，还在河南、浙江以及陕西宁陕、铜川、玉华宫等地进行了野放，并作为国礼赠送给日本等国家，这些都堪称生物多样性保护尤其是濒危动物保护和繁育工作的典范。
另外，据统计全国23处国家级水生生物自然保护区，秦岭就占了5处，分别是丹凤武关河珍稀水生动物国家级自然保护区、黑河珍稀水生野生动物国家级自然保护区、陇县秦岭细鳞鲑国家级自然保护区、太白湑水河珍稀水生生物国家级自然保护区和略阳珍稀水生动物国家级自然保护区。在这些工作中，林业、水利部门都付出了巨大的努力，也取得了卓著的成效。
这些充分说明：秦岭不仅对于陕西甚至对于整个中国来说都是极其重要的，在某种意义上来说，保卫秦岭就是保护我们的生命线。
秦岭山自然保护区的数量和面积图
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