1999年至2007年的第三阶段发展历程

1999—2007年是中国完善市场经济体制，构建公共财政框架体系、健全企业会计制度的关键时期。科技向现实生产力转化的能力薄弱、高新技术产业化程度低，依然是制约我国经济发展的一大障碍。为了解决我国高新技术产业发展进程中存在的问题，1999年8月20日，中共中央、国务院发布《关于加强技术创新、发展高科技、实现产业化的决定》（中发〔1999〕14号）。同年，《财政部、国家税务总局关于贯彻落实〈中共中央、国务院关于加强技术创新、发展高科技、实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》（财税字〔1999〕173号）对自行开发软件产品、技术转让、科研资助、高新技术产品有关的进出口和科研机构转制等五个方面实行税收优惠政策。2000年，国家税务总局又发布《关于贯彻落实〈中共中央、国务院关于加强技术创新、发展高科技、实现产业化的决定〉》，对科研机构转制、软件开发企业工资税前扣除以及社会力量资助科研机构、高等学校的研究开发经费税前扣除问题进行了补充通知。

除了进一步完善高新技术产业的税收优惠政策，1999—2007年创新税收激励最为显著的变化就是“产业优惠”的实行。原有的“区域式”鼓励创新的税收激励政策存在较大的避税空间，造成一定的税收流失，其政策效果也受到理论界的质疑。因此，为了使税收优惠政策能够切实起到鼓励企业积极开展创新活动的作用，扶持若干科技密集型产业发展，税收激励措施也逐步由“区域优惠”向“产业优惠”转变。

为推动软件产业和集成电路产业的发展，增强信息产业创新能力和国际竞争力，2000年6月，国务院出台《鼓励软件产业和集成电路产业发展的若干政策》（国发〔2000〕18号）。随后，财政部、国家税务总局、海关总署联合发布《关于鼓励软件产业和集成电路产业发展有关税收政策问题的通知》（财税〔2000〕25号），降低软件产业、集成电路产业的实际增值税税负，其生产设备可实施加速折旧，并对这两个产业进口所需自用设备的关税和进口环节增值税实施免征。2002年，财政部、国家税务总局制定《关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展税收政策的通知》（财税〔2002〕70号），进一步降低集成电路产业的实际增值税税负，并给予企业所得税“两免三减半”优惠。此外，2002年财政部、国家税务总局连发《关于部分集成电路生产企业进口自用生产性原材料消耗品税收政策的通知》（财税〔2002〕136号）、《关于部分集成电路生产企业进口净化室专用建筑材料等物资税收政策问题的通知》（财税〔2002〕152号）、和《关于部分国内设计国外流片加工的集成电路产品进口税收政策的通知》（财税〔2002〕140号）等三项政策，对集成电路企业进口设备、物资等进口环节的税收给予减免。

为营造激励企业创新的良好环境，推动企业成为技术创新的主体，财政部、国家税务总局于2003年发布《关于扩大企业技术开发费加计扣除政策适用范围的通知》（财税字〔2003〕244号），将企业技术开发费加计扣除政策适用范围从原先的国有、集团工业企业扩大到所有财务核算制度健全、实行查账征收企业所得税的各种所有制的工业企业。2006年，《关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2006〕88号）又进一步加大对企业自主创新投入的所得税前抵扣力度，取消“纳税人技术开发费比上年增长达到10%以上”才能享受加计扣除的限制条款，即在企业对技术开发费实行100%扣除基础上，允许再按当年实际发生额的50%在企业所得税税前加计扣除。企业研究开发费用150%加计扣除政策现已列入《企业所得税法》中，成为我国激励企业开展创新活动最为主要的优惠方式。此外，还延长了抵扣期限，对年度实际发生的技术开发费当年不足抵扣部分，可在以后年度企业所得税应纳税所得额中结转抵扣，期限最长不得超过五年。(www.xing528.com)

为贯彻实施《国务院关于印发实施〈国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020年）〉若干配套政策的通知》（国发〔2006〕6号）的有关规定，2006—2007年财政部、国家税务总局发布一系列配套政策，财税〔2006〕88号是其中之一。该政策除了允许企业技术开发费用能够税前加计扣除，还规定企业用于研发的仪器、设备可加速折旧，并对新创办的高新技术企业给予减免税和所得税率的优惠。其他配套政策包括：2006年发布《关于纳税人向科技型中小企业技术创新基金捐赠有关所得税政策问题的通知》（财税〔2006〕171号），对社会力量通过公益性团体向科技型中小企业技术创新基金的捐赠，一定比例可在缴纳所得税时予以扣除；2007年颁布《关于促进创业投资企业发展有关税收政策的通知》（财税〔2007〕31号），规定创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市中小高新技术企业2年以上的，可按投资额的70%抵扣该投资企业的应纳税所得额；《关于国家大学科技园有关税收政策问题的通知》（财税〔2007〕120号）、《关于科技企业孵化器有关税收政策问题的通知》（财税〔2007〕121号）则对科技园和科技企业孵化器免征营业税、房产税和城镇土地使用税。上述配套政策除了对企业这个创新活动的主体给予更为优惠的税收政策外，较1991—1998阶段政策最为显著的变化就是逐步关注创新活动的其他主体，如创业风险投资企业和科技企业孵化器、国家大学科技园等科技中介服务机构，拓宽企业开展创新活动的资金来源渠道，加速科技成果转化。

《科学技术进步法》和《促进科技成果转化法》的出台显示了国家对于鼓励科学研究与技术开发、推广应用科学技术成果的重视。1999—2003年，财政部、国家税务总局针对科技成果转化以及转制科研机构和非营利性科研机构制定众多税收优惠政策。《关于促进科技成果转化有关税收政策的通知》（财税字〔1999〕45号）规定高等学校的技术转让收入也免征营业税，并对科研机构、高等学校的技术性服务收入免征企业所得税；《关于促进科技成果转化有关个人所得税问题的通知》（国税发〔1999〕125号）规定科研机构、高等学校转化职务科技成果以股份或出资比例等股权形式给予科技人员个人奖励，不征收个人所得税；国家税务总局发布《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构转制后税收征收管理问题的通知》（国税发〔1999〕135号），对转制科研机构免征技术转让收入的营业税、科研开发自用土地的城镇土地使用税和企业所得税；2002年《关于转制科研机构享受企业所得税优惠政策问题的补充通知》（国税发〔2002〕36号）、2003年《关于转制科研机构有关税收政策问题的通知》（财税〔2003〕137号）对前述优惠政策进行了补充或将政策适用期限延长。财政部、国家税务总局对非营利性科研机构也制定了类似的激励政策。

1999—2007年是我国创新税收激励政策逐步完善的时期，税收激励政策从“数量导向”向“质量控制”转变。原有的主要税收优惠措施得以保留，部分政策为适应新时期经济发展需要作出局部调整。在该阶段，国家出台针对软件产业和集成电路企业以及新型显示器件生产企业的激励政策，税收优惠逐步由“区域优惠”向“产业优惠”转变。同时，税收激励方式由直接优惠向多种优惠方式并重转变，除了结转扣除、投资抵免等间接优惠方式被纳入税收优惠体系，税前扣除也得到大量的运用。只是由于该时期内资企业和外资企业仍然适用不同的企业所得税政策，在鼓励企业开展创新活动的税收优惠上还存在着内外有别的状况。