采用保税仓库模式的跨境电商企业更倚重税收优惠政策后的低价爆款，而税改后税收政策不明确统一，使得这类跨境电商的发展也面临着商品货物成本及价格上升等不确定因素。2016年3月24日，财政部联合海关总署、国家税务总局发布了《关于跨境电子商务零售进口税收政策的通知》，规定了个人单次交易限值、个人年度交易限值。在限值以内，进口环节增值税与消费税，暂按法定应纳税额的70%征收，超过上述标准均按照一般贸易方式全额征税。而在同年5月24日，海关总署又印发了《海关总署办公厅关于执行跨境电子商务零售进口新的监管要求有关事宜的通知》，对“通关单”“许可证”“注册备案”“税改限额”等监管要求暂缓执行，过渡期截至2017年5月11日（含11日）。面对跨境电商新政的不确定性，多数跨境电商企业只能采取止损措施，经济效益受到较大影响。
（二）跨境电商保税仓物流服务的责任主体需要进一步明确
跨境电商保税仓物流服务的责任主体包括境内代理商、境外供应商、商家、物流等，虽然新的《食品安全法》明确了网络食品交易的第三方平台权责，但跨境电商平台主体责任尚不明确。除了洋码头、天猫国际等传统模式外，还有顺丰、京东等平台，覆盖了资金流、商流等全方位的服务，还承担着货源采购与物流仓储等角色。这些平台负责报检、报关等业务，当收货人与供应商等主体并非为同一人，且货物所有权在一定程度上仍然归属于境外供应商时，这种新型的关系，为保税备货模式中的执法监管带来了较大的困扰。(www.xing528.com)
（三）跨境电商保税仓物流信息管理系统有待进一步优化
保税备货模式下，跨境电商保税仓物流中心的信息系统主要链接三个系统，即仓库管理系统WMS、海关信息系统以及国检监管系统，发生任何库存变动，上述关务商检三个系统均需要进行数据交互。由于保税仓商品的SKU众多、动销率高、库内商品的批次管理难度高，仓库管理系统中的库位信息经常和海关信息系统以及国检监管系统中的库位信息不符，在海关或国检查验的过程中会出现商品报关或报检号与该商品其他属性信息不一致的情况。这样会直接导致海关或国检对客户订单进行卡单（商家订单已推送至仓库 WMS系统，但订单无法分配、打单），对商家销量、仓库信誉和客户体验带来负面影响。如宁波百世九龙保税仓在2016年“双十一”当天，被海关卡单近一个半小时，1200名临时工作人员全部处于等待状态，造成直接人力成本近2万元，延迟生产派送包裹12600多个。
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