这里选取的投入变量为科技活动人员（RDL）、普通从业人员（CL）和研发（R＆D）经费支出（RD），产出变量为总收入（S）和出口占比（RRX）。与日本筑波科学城和韩国大德科技城的设立目标不同，无论是中国大陆的高新技术产业园区还是台湾地区的科学工业园区，研发和量化生产是其两项重要的发展目标，因此我们在有限的数据指标体系中选择这些变量，一方面突出企业的创新研发活动和效率，另一方面又尽量地将生产经营活动考虑进来。所选投入指标中科技活动人员和R＆D经费支出可以看作是对科技创新活动的反映，而普通从业人员（通过年末从业人员减去科技活动人员得到）则更多的是反映了高新区的生产经营活动。
产出项总收入涵盖高新区企业的技术收入、产品收入和商品销售收入。由于中国大陆自2000年左右开始进行“二次创新”，从2009年开始又先后批复北京中关村、武汉东湖、上海张江为国家自主创新示范区，而深圳则是中国首个达到“四个90%”的以企业为主体的创新型城市，中国大陆高新区自主创新水平显著提升，所以总收入能够比较好地反映所选高新区和科学工业园区的创新成果和一般经营活动成果。而台湾科技工业园区随着产业岛内转移和向大陆“西进”，制造环节基本迁出，保留的是研发、设计、品牌运营、销售等高价值环节，运用总收入也能很好地表示科技工业园区的经营成果。为了更好地研究对外开放度对园区经营绩效的影响，本文不是利用常规的出口额作为产出变量，而是将出口额占总收入的比值作为产出项，这样一方面能够消除科技园区规模的影响，另一方面能够更好地反映高新区的对外开放度。
考虑到企业数量对效率的影响，本书分别将科技活动人员、普通从业人员、R＆D经费支出、总收入除以园区当年企业规模，获取园区企业的平均科技活动人员（A-RL）、平均普通从业人员（A-CL）、平均研发经费支出（A-RD）、平均总收入的相关数据（A-S），从“平均水平”[2]的角度考察各园区的平均经营效率。(www.xing528.com)
此外，为了分析两岸高新区绩效是否存在差异以及差异的稳定性问题，本书分别从三个角度进行稳健性（Robust）检验和分析：Robust1：扣除对外开放度（RRX，出口占比），然后做效率分析；Robust2：去除研发经费（RD），重新做效率分析；Robust3：同时去除RRX和RD的影响做效率分析。
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