尽管深圳高新区已经取得非凡的成就，但从长远发展看也面临不少的问题，如资源稀缺、成本上升、改革精神淡化、资金短缺、人才短缺等。
（一）资源稀缺限制企业的发展
无论传统工业企业还是高新技术企业，其发展都需要土地资源。深圳高新区在没有扩区之前，是全国88个国家级高新区中面积很小的几个之一，土地空间严重不足，企业发展几乎没有可新增的土地，许多在区企业的新项目因为缺乏土地而转向内地发展（详见表8.5）。
表8.5深圳高新区部分企业向国内拓展情况[1]
资料来源：作者整理。
2010年深圳高新区工业增加值3021.1亿元，管理面积为11.52平方千米，每平方千米工业增加值为262.26亿元，高居全国首位，约是居于第二位的上海张江高新区的三倍（见表8.6）。这意味着深圳高新区的单位土地产出值最高，土地利用效率高，但也从一个侧面反映出深圳高新区发展面临的土地空间限制。
表8.6 2010年中国主要高新区土地产出率比较
资料来源：《2011中国火炬统计年鉴》《2010中国高新区统计年鉴》。
深圳的能源和水资源也面临着很大的制约。深圳是全国七大严重缺水城市之一，人均水资源量仅为全国的1/11，深圳市人均水资源占有量已经下降到20年前的1/18。70%左右的水源来自东江引水，一旦东江取水受阻，深圳市的供水将无法保障，一旦出现意外，导致水资源短缺，无疑将会限制高新区内企业的用水，增加企业的营运成本。能源紧缺也是广东等地的常见问题，尽管临近大亚湾核电站，但是一到夏天用电高峰期，为了保障居民用电，往往会对工业企业拉闸限电，造成设备、人员的闲置。近几年华南地区出现的“电荒”，对当地企业生产和生活造成的影响，已经让一些企业深有感触。
（二）综合成本提升弱化区位竞争力
深圳经过三十多年的快速发展，生产成本已经大大提高，如土地成本、房价、水电费、人工工资等均高于内地水平，生产成本的提高使得企业的发展速度趋缓。人力成本是企业营运成本的重要组成部分，它的高低直接影响到企业在市场上的竞争力，进而也对一个区域的竞争力产生重要影响。人力成本又主要体现在工资水平上。最低工资一般是根据当地居民的生活费用支出、职工个人缴纳社会保险费、住房公积金、职工平均工资、失业率、经济发展水平等因素而确定，能够在一定程度上代表地方的人工成本。中国主要城市的最低工资水平，历年来以深圳为最高，杭州、上海、北京、广州等城市均低于深圳水平（见表8.7）。
表8.7 中国主要城市最低工资水平与平均房价比较[2](www.xing528.com)
数据来源：作者整理。
2000年以来，深圳最低工资标准和平均工资水平提高的速度呈现加快的趋势（图8.4），这是造成一些企业外迁或者部分企业将制造环节迁往内地的主要原因之一。许多外资高新技术企业也不再青睐于深圳高新区，而是倾向于成都、西安、天津等在人力成本方面（无论是高技术人才还是一般劳动力的工资水平）都相对较低的城市的高新区转移。
图8.4 深圳市历年最低工资标准和平均工资水平
资料来源：作者整理。
（三）“特区”亟待深层次改革
伴随着上海浦东新区、天津滨海新区改革开放步伐的加快，以及重庆两江新区、中原城市群、皖江城市群、武汉城市圈、长株潭城市群、鄱阳湖生态经济区、太原城市圈等发展规划的出台，中国目前已经形成了“四大板块”“八大经济圈”和“十大城市群”的区域经济发展格局。中国各区域开始向世界全面开放，深圳特区的“窗口”意义迅速下降，以前能够享有的一些政策优势也不复存在，伴随着人力、劳动和土地等成本的提高，与内地城市相比在某些方面的弱势反而有所显现。这是深圳高新区亟待新一轮改革，释放制度创新活力的紧迫现实。
身为改革开放标杆的经济特区，近年来还明显出现了改革动力弱化、改革精神淡化、改革阻力加大的现象。过去深圳改革的主要动力很明显，那就是改变贫穷的状况，而现在深圳市人均GDP已经超过1.3万美元，很快就成为世界级的发达经济区，如果找不到新的改革理由，无疑深圳特区未来改革的动力将逐渐弱化。而且深圳进一步的改革涉及户籍制度、政治体制等深层次内容，牵涉到既得利益集团的利益，改革的阻力也会越来越大。与此同时，内地一些城市和地区，在经济发展水平、产业层级、成本水平等很多方面都与深圳存在落差，这些城市和地区要实现赶超式的发展，深圳可能成为其赶超的目标，这对深圳高新区的资源外流，企业“外迁”都将产生影响。深圳高新区需要寻找一条与自身目前的发展水平和产业形态相适应的改革之路。
（四）资金外流和短缺同时并存
与中国信用体系不完善的整体环境相一致，深圳的信用环境建设也比较滞后，缺乏完备的企业征信体系，已经成为深圳商业银行开展业务遇到的最主要困难，使得银行找不到合适的贷款对象，进而导致的不良后果是，一方面中小企业贷不到款，出现资金短缺，大多数中小企业没有与任何金融机构发生借贷关系，大部分企业主只能选择向亲友借款；另一方面是商业银行等金融机构盈利下降以及大量资金流出深圳。以深圳高新投、创新投等主要投资公司为例，其主要投资对象是高科技项目，对中小企业的发展并无太多帮助。目前两者在全国范围内进行业务拓展，将进一步加剧深圳资金外流的状况。当然，伴随着深圳高新区的金融广场“融资城”、中小企业信贷和技术产权交易等科技融资体系的建设，以及以阿里金融为代表的“小贷公司+平台”的融资模式的出现，资金外流与资金短缺的情形可能得到一定程度的缓解。
（五）科技人才竞争处于不利地位
深圳是个年轻的城市，不过短短三十余年的城市发展历史。目前只有深圳大学这样一所综合性大学，真正有总部落户在深圳的科研机构也寥寥无几。北京、上海的高校都有上百所，内地每个省会城市一般也有几十所高校。深圳本地智力资源薄弱，与深圳高新区发展高科技产业形成一定的矛盾，与上海、北京等地相比，深圳高新区在竞争中处于不利位置。深圳创新人才本地化培养与深圳人才需求总量存在很大差距。受人才环境、人才供给和生活成本等因素的影响，深圳的人才竞争力有下降趋势，导致高新区高等学历人才所占比例偏低，高端科技人才短缺。如何获取内地、港澳和海外大学的智力资源，就成为深圳高新区内面临的一项重要任务。目前来看，以华为、中兴为代表的高新区企业，通过在内地和海外大量设立研究机构，解决了智力资源短缺的问题，然而高新区内还有许多中小企业，它们并没有能力像华为、中兴那样广揽天下英才，如果深圳市本地不能提供更多的人力资本产出，无疑将使高新区内的中小企业的发展受阻。当时，深圳高新区为了缓解这一问题，设立了虚拟大学、深港产学研基地等，通过与清华、北大、香港城市、香港理工、哈工大、中科大等三十多所高校共建实验室和研发中心来吸引内地和香港的智力资源，但是从实施效果看，这些虚拟大学园等的建立，很大程度上对企业的技术创新与研发活动产生了直接的支持作用，但对人才培养并无太大的直接作用。随着南方科技大学等大学和科研机构的建立，期待深圳高新区面临的智力资源短缺问题能够得到一定程度的缓解。
此外，深圳高新区发展中仍然存在着创新基础能力和知识产权意识不强，核心专利不足；产业结构不尽合理，产业低端环节比重偏大；园区发展不均衡，产业分布零散；发展空间不足，基础与配套设施建设滞后；管理体制不健全，组织结构不统一等亟待解决的问题。
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