新的水管单位财务管理制度对内部财务管理体制规定的比较明确，也比较符合水管单位的实际情况。但在执行中仍然存在着核算体制不完善，账外核算等问题，造成了财务管理混乱。笔者认为水管单位要根据自己的实际情况，实行切实可行的管理体制。确定财务管理体制的形式要坚持以下几项原则：
（1）统一领导、分级管理的原则。坚持这条原则的核心是水管单位对下属单位要统一，实行分级管理、各负其责。要实行集体领导和个人分工负责相结合，明确权力，划清职责。
（2）财务管理体制要适应生产发展需要的原则。对大型水管单位实行“一级所有、二级核算、三级管理体制”；规模较小的水管单位实行“一级核算、二级管理体制”；对兴办第三产业和较大的综合经营生产项目可以实行“水管单位领导下独立核算，自负盈亏体制”。
（3）财务管理体制要与事业管理体制相适应。财务管理体制要与事业管理体制相统一。按事业工作量，本着有利工作、有利管理前提下确定基本核算单位。
（4）要加强各项资产和资金的管理。由于新的水管单位财务会计制度的贯彻执行，水管单位各项资产和资金管理得到很大加强。但按国家管理要求，还存在一些问题。主要表现在应收款占用多，在建工程挂账多，管理费未决挂账多，行政和生活借款多，现金超限额多，存货占用多，呆账多，结合经营生产占用事业费收入多，资产和资金管理手段落后，利用率低等问题。解决以上问题需做到：
首先，要提高领导和财会人员的认识。水利部门实行两权分离后，水管单位经营自主权扩大，管理责任也扩大，这就要求我们要认真执行国家的财经政策，财经纪律，科学地管好、用好各项资产和资金，提高其利用率。
其次，要认真开展“四清”活动，回笼资金。要有领导、有组织地开展一次以清理应收款、固定资产、物资、资金为内容的“四清”活动。要把这项活动搞得有声有色，作为加强财务管理一项重要措施，当作一项领导干部政绩考核内容，纳入岗位责任制考核目标。这项工作做好可以回收大量资金和实物，是解决目前水管单位严重缺乏资金的一个手段。(www.xing528.com)
再次，要建立健全管理制度，认真执行制度。管理制度不健全的水管单位要对照新的水管单位会计制度要求补充、完善。建立制度目的是更好地执行，水管单位领导要把管理制度的贯彻执行纳入工作日程，定期检查，发现问题及时处理。
最后，认真解决财会人员实际问题，调动他们的工作积极性。水管单位财务管理工作的好坏，与单位财会人员的素质有十分密切的关系。能否调动财会人员的工作积极性，也是做好水管单位财务工作一项重要工作。
笔者仅就财会人员自身存在的职称难晋、工资难调、职权难行使等困难设想一些解决的办法：
1）想方设法，积极努力做好财会人员专业学历再教育工作。财会人员专业学历再教育，已是摆在广大财务人员面前迫切需要解决的大问题。搞好这项工作，既是工作需要，也是财会人员晋职称的需要。建议水利部充分利用部属院校、各省培训中心为校舍，采取脱产、半脱产、函授、自考等办法与有关国家院校联合办学，毕业后发给国家承认毕业文凭。以解决目前水管单位学历偏低、适应不了工作需要的问题。
2）实行岗位聘任制与工资挂钩办法。为了解决目前财会人员晋级靠考试和财会人员考不上，工资调不上的矛盾，可以实行财会人员定岗、定职与工资挂钩，虽然没有职称，但是定岗可以单位内部执行相当职务的工资。这样可以解决行业与行业之间人为政策上矛盾、也可以更好地贯彻按劳分配政策，解决多数财会人员在工作岗位上勤勤恳恳、任劳任怨，但工资偏低的实际问题。
3）实行财会人员双重管理办法。财会人员能否行使职权，财会人员的管理权限至关重要。要想充分发挥财会人员的作用真正能行使职权，维护国家利益和单位合法权益。对水管单位财会人员必须实行水利主管部门和单位双重管理，对财会人员上管一级，这样才能使财会人员以双重身份完成双重任务。
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