为了能够对农产品物流系统地价值链进行详细分析，一般来说应该要进行以下四个步骤：第一步，把完整的农产品物流系统价值链进行分解，使其分解成资产、作业、收入与成本等几个部分，并在不同的活动中分别安置以上不同的部分。第二步，对能够导致价值变化的作业进行确定，并具体分析这些作业的成本问题。第三步，对其各个节点企业之间所存在的相互关系进行分析，从而使其不同作业与活动之间存在的联系进行确定。第四步，通过以上的分析，得出分析的结论，从而优化以及进一步完善农产品物流系统的价值链，有效地对成本动因进行协调控制，提高物流运作效率，为农产品物流价值链在农产品市场竞争中获得优势奠定基础。一方面，参与农产品物流系统价值链的各个主体能够在相互协调与合作的基础上获得一定的利益；另一方面在流通主体之间存在着一些不能确定的因素，由此可能会带来一定的经济风险。所以，在优化设计农产品物流系统价值链的整个过程中，要将不同节点企业之间相互关系纳入考虑的范围之中，从而制定一套行之有效的激励制度和治理方案，从而避免以上风险的产生，同时又能够与物流资源整合的特征相匹配。另外，通过加强不同节点企业与企业之间的信任程度，基于合作的物流一体化会使整个价值链的合作管理会更加有效，会增加价值链中节点企业的利润。
参与农产品物流系统价值链的节点企业可能发生的特殊风险及其对整条价值链的影响主要有三个方面：一是信息共享对信息不对称的消除程度。在农产品物流系统价值链中如果信息沟通不畅，或者信息存在失真、危险性，就会给整个价值链网络带来不利的影响。破坏流通主体之间的信任关系，大大降低了主体之间的合作程度和意向，最终恶化导致价值链运作效率的低下甚至解体。二是成本分摊和利润分配公平性。农产品物流系统价值链的增值很大部分是依靠各主体企业间合作实现的，各主体企业决定是否参与物流的合作取决于节点企业预期利益是否超过了自己独立经营的利润，同时还取决于价值链创造的整体利润分配是否公平，分摊价值链管理和运作的成本是否合理。三是资产的专用性投资。在价值链优化过程可能需要某节点企业或共同投资建设专用性很强的设施设备，威廉姆斯认为资产的专用性是影响交易费用和治理结构的关键因素，如果资产的专用性越高，资产拥有人风险越大，如果节点企业减低交易频率或不合作，将给资产拥有人带来很大的损失。因此，建立价值链的长期的合作关系，是提高物流技术水平的关键。(www.xing528.com)
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