抗日战争胜利后，吴淞商船再度在上海复校。而此时的国民党当局却无心关心高等航海教育，正忙着进行内战，吴淞商船学校只能是因陋就简，高等航海教育的发展也窒碍难行。
1945年8月15日，中国人民经过浴血奋战，取得了抗日战争的伟大胜利。战后，独立高等航海教育机构的恢复与发展迅即被提上议事日程。
在教育部和交通部的坚持以及社会各界的强烈呼吁下，国民政府遂在1946年2月决定在上海恢复商船专科学校。1946年4月5日，教育部下令定校名为国立吴淞商船专科学校。周均时被聘为校长，1946年2月就任。
周均时就任校长后，即来上海筹备复校。筹备处设在上海乍浦路439号，因吴淞的校舍已经全部被毁，所以首要的工作是勘定新校舍。当时上海的房屋奇缺，周均时经过数月奔走，房屋仍无着落，后来得到联合国善后救济总署的协助，租到了东长治路505号前英国雷士德工学院作为临时校址。该院占地面积约一万平方米，分四个建筑群，建筑面积近两万平方米，抗日胜利后该院被国民党海军接管，财产损失惨重。经过简单的修理后，校方于1946年8月1日迁入新址办公，当即聘定教授，添派职员，招收新生。同年10月初，复校准备工作结束，10月14日，国立吴淞商船专科学校在原雷士德工学院旧址正式开学。雷士德工学院（东长治路505号）原有建筑4栋，共有69间教学与办公用房，还自建了15大间学生宿舍，另在东长治路609号拥有24间学生宿舍，在海宁路和乍浦路各有9间教工宿舍，以及一个篮球场。
抗战胜利后，国民党政府一心忙于内战，根本无暇关注高等教育。面临着这一动荡的时局，吴淞商船专科学校师生员工穷于应付，学校自1946年10月14日正式复校开学起，直至1949年6月22日被上海市军管会高教处接管为止，近3年时间里的办学条件始终处于简陋就便之中。如前所述，复校之初，学校并无固定场所，为此只好临时租赁雷士德工学院4栋楼房建筑办学。直到1949年6月，校舍和其他用房面积也无大的变化，东长治路505号校舍属于临时租赁性质。吴淞炮台湾原有校址近73亩，“八·一三”淞沪抗战将所有房屋全部摧毁，当时仍为一片荒地。在此期间，校方曾向政府当局多次吁请，要求解决学校的办学场所问题。但是，国民党政府忙于内战，军费开支浩大，经济又极度恶化，物价飞涨，货币大幅贬值，其政权已呈大厦将倾之势，根本无暇顾及一个吴淞商船学校了。
学校办学经费的严重短缺直接造成实验实习设施的严重不足。根据校方的要求，航海科与轮机科的专业授课均需添置相关的仪器设备。轮机科实习工厂简陋不堪，工具不全，器械无几，铸工厂、锻工厂、模型间都缺失。各系科以及校方多次建议均无效果，1946年开学后轮机科的工厂实习课程一直无法进行，直到1947年3月学校购得台虎钳28把和钢锉3打以后，才有简单的钳工实习。为了继续办学，1948年春学校在雷士德工学院后面空场地搭建了一幢五间木制板房的小型工厂，暂为实习之需。工厂装有少量的机械设备，但因无钱购置机械附件，只能以配齐附件为条件将工厂租赁出去，学生又无法开展实习。直到1949年春，经过多方交涉，才能够在学生上实习课时将工厂暂停以便学生练习。
此外，自复校以来，学校一直没有教学实习用船与战后初期的全国船舶运力激增，甚至有些船舶闲置一边形成了鲜明的反差。直到1949年6月学校被军管会接收，学校也未能拥有一条自己的实习船舶，结果导致1949年“本届航海、轮机科毕业生共140人，电讯科毕业生46人，照章应予上船实习（航海轮机两科学生实习二年、电讯科学生实习一年），本校以前亦曾呈南京政府教育部转呈行政院指拨适宜练舰，迄无结果。已届实习时期，亟待指拨练舰以便分发”，连学生实习都成了问题。
尽管办学的环境很差，缺少必要的教学设施，教学条件与设备相当简陋，但是，有着优良航海教育传统的吴淞商船专科学校，仍然坚持在困境中继续办学，并在可能的条件下，尽量进行规范的教学管理。即使是在内战时期，局势动荡，吴淞商船专科学校仍然拥有一批较强的师资力量。教师队伍中，自校长周均时以下，教务主任、训导主任、总务主任以及航海科主任、轮机科主任等，大都长期担任过商船船长职务，有的还曾留学外国。(www.xing528.com)
解放战争中的吴淞师生目睹了国民党内战的种种行径，纷纷行动起来。1946年，为了开辟党的工作，地下党员王夷白、汪浩、屠文钊等同志遵照积极打入国立大专院校的指示，先后进入商船学校成立支部，传播革命火种，组织群众开展多种形式的斗争。他们培养积极分子，发展地下党组织，积蓄力量，迎接解放，在新中国成立前夕，地下党员已达20人。
当时的吴淞商船教师队伍中，有一些从事高等航海教育几十年的著名教授。例如，校长周均时教授系1912年吴淞船校第一届毕业生，留学德国，毕业于柏林工业大学机械工程系，1927年开始从事教育，先后在京沪等地任教，曾任重庆大学教授、系主任、工学院院长，同济大学校长等职。教务主任金月石教授毕业于交通部吴淞商船专科学校，是中国最早的一批海轮船长之一，曾出任抗战前的吴淞商船专科学校教练长。教务主任郏鼎锡教授毕业于交通部吴淞商船专科学校，曾历任鸣安、宁治、招商、三北、民生等轮船二副、大副和船长等职。代校长曹仲渊教授毕业于海军雷电学校无线电专科和英国马尼可无线电工程学院，曾任大夏大学教授、海军司令部电工专长和通信专长等职，1948年任学校高级无线电训练班主任。总务长姚启钧教授毕业于大同大学理学院，曾任重庆大学、广西大学、交通大学、大同大学教授，系物理学专家。轮机科主任张汝梅教授毕业于交通部吴淞商船专科学校，系美国密歇根大学硕士，曾任工程师、技术主管等职。张令法教授曾任学校轮机科主任、教务主任、招商局总轮机长等职，系轮机学专家。其他如驾驶科郭远振教授精于航海天文及罗经校正，驾驶科冯玉蕃教授精于航海教学，等等。令人动容的是，这些航海教育名家不仅有着深厚的学术积累，春风化雨般的教学精神，还有一些在祖国和民族大义面前坚定信仰，坚持初心，为祖国解放、为新中国航运事业贡献出了巨大的力量甚至宝贵的生命。
校长周均时先生目睹蒋介石撕毁了重庆谈判达成的停战协议，悍然发动内战的行径，坚决站到反独裁、反内战的民主运动行列，利用他在科技文化教育界的地位，不畏强暴，采取各种形式，积极进行活动，并号召文教界有识之士，不可保持缄默，应挺身而出讲话，唤起广大群众觉悟，用各种有效方法打破国民党当局妄想期待美援，做垂死挣扎的迷梦。1949年8月由于不慎走漏消息，周均时不幸被国民党逮捕，囚于重庆中美合作所白公馆，周均时在狱中，刑讯不屈，铁骨铮铮，坚持气节。1949年11月27日夜，周均时被押出牢房，在渣滓洞松林坡惨遭杀害，时年58岁。重庆解放后，周均时遗体经党和人民政府收殓，遵家属意见，葬于重庆市南岸凉风垭，成为著名的红岩英烈之一［19］。
代校长曹仲渊教授在南京海军总司令部电工处任职期间，为地下党提供了大量珍贵的军事情报。1948年，他猎取蒋介石绝密文件“江防计划”，转交上级党组织，发往延安，为渡江战役的胜利做出了突出贡献。
上海解放以后，吴淞商船专科学校学生积极组织人民保安队，担任驻船联络员，投身随军服务团，参加人民解放军，为护厂护校、护船护产、随军服务、保家卫国做出了积极贡献。1949年5月27日，金月石向海内外船员广播呼吁航海界人士和广大海员回归祖国，发展新中国航运事业。同年9月19日，“海辽”轮（见图7-12）船长、校友方枕流率领全体船员起义，在驶往大连港途中升起了五星红旗。1949年9月28日晨，“海辽”轮经过8天9夜的航行，终于出现在大连湾，宣告起义成功。在他的带动下，中央航空和中国航空公司的12架飞机、招商局香港船务局13艘海轮相继起义，为新中国海运、民航事业奠定了基础。
图7-12 “海辽”轮［20］
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