“九·一八”事变发生后，历史把中华民族推到世界反法西斯战争的最前沿，面对日本法西斯的疯狂侵略，中国人民奋起抵抗，挽救国家于危亡。抗战爆发后，中国高等航海教育的发展受到严重阻挠，甚至一度中断。十四年抗战期间，中国高等航海教育在战火纷飞中虽旗帜飘摇但弦歌不辍，为后来航海教育的重建延续了根脉。
1931年1月28日，上海爆发“一·二八”淞沪抗战，当天早上学校宣告停课，全体学生赴沪暂避，交通部也明令学校暂行停办，学校面临着再次中断的危机。
校长杨志雄认为学校创业艰难，复校不易，努力维持，1931年2月14日在上海萨坡赛路仁华里三号设立学校临时办事处。鉴于日军攻淞之日炸毁校长住宅、全部传达室、全部教室，旗楼、礼堂、各教室、教职员宿舍、学生宿舍、办公室、食堂、厨房、浴室、工厂、机件、烟囱、游泳池等均损毁严重，吴淞船校的校舍与实习工厂大半被日军炮火轰毁，学校被迫呈报交通部。1931年2月20日，交通部令吴淞船校筹议在沪租屋开学，5月23日租定上海亚尔培路（今陕西南路）亚尔培坊二四、二八、三二、三三、三五、三六等号房屋为临时校舍。全校师生协同一心，暑期未休假，将各班学生停顿数月之缺课完全补足，所以在“一·二八”淞沪抗战中，学校虽受巨大损害，学生学业上却没有耽误。
1933年3月吴淞校舍修竣后，学校自上海市区迁回。1937年7月抗日战争全面爆发，8月在上海又爆发了八一三淞沪抗战。吴淞作为主战场之一，战事激烈，吴淞商船学校校舍被日军炮火夷为平地，仪器图书也尽遭焚毁，学校再次临时迁居上海市区吉斯菲尔路（今万航渡路）75号，坚持至9月底第二次停办。
随着战争的爆发，受到战事的影响，各地航海教育全部停顿，航海界人士心急如焚。随着战局的渐趋稳定，基于安排吴淞商船学校后撤师生的需要，国民政府还考虑到“以我国江海航运范围之广大，岂能置航运教育于不顾，况且在抗战时航运尤为重要”，为使航海教育不致中断，有关当局综合考虑，开始重新构想在内地复办商船学校。
1939年6月，依照国民政府最高国防会议教育专门委员会的决议，决定于重庆恢复商船专科学校，定名为国立重庆商船专科学校。复校的基本思想是网罗造船与驾驶专家，一面招生教授，以造就专门人才，一面研究设计抵抗敌舰之方法。同时，成立重庆商船专科学校筹备委员会，由教育、交通、海军三部筹办，具体由教育部高等教育司司长吴俊升等负责筹备事宜。1939年8月复校筹备工作结束，原在上海的吴淞商船学校部分图书和部分仪器，也经滇越铁路和滇缅铁路运到重庆，部分吴淞商船学校的学生同时转入重庆继续学习。
建校之初的重庆商船专科学校一边在西南与东南地区五地设点招考新生，报考者共319人，一边还以函电及转告等方式，通知各地吴淞商船专科学校学生来重庆复学。在此非常时期，重庆商船专科学校仍坚持全国招生，不少沦陷区高中生积极应考，显示出学校强大的感召力与学生的爱国精神。
1939年复校之初，学校择定江北溉澜溪陈姓基地作为校址，校舍落成前，学校暂时租借招商局4 800载重吨、载客761人的“江顺”客轮作为办学地点，以供临时上课及办公使用。1939年11月27日，重庆商船专科学校正式开学，当时暂由教育部高等教育司司长吴俊升兼任校长，教务主任为宋建勋，不久改聘宋建勋担任校长一职。1940年2月2日，学校在“江顺”轮举行了盛大的开学典礼，教育部部长陈立，副部长顾毓秀，交通部副部长彭学沛、卢作孚，以及萨镇冰上将等均出席典礼。萨镇冰出席发言，认为前二十八九年，吴淞出来的一百多人，代替了外国人，表现了非常好的成绩。今天的中国，非富国强兵不可，要富国，就非多造商船不可，再三鼓励青年要有冒险精神，极大地激励了复校之初的师生员工。图7-11为在“江顺”轮举行开学典礼的照片。(https://www.xing528.com)
图7-11 “江顺”轮开学典礼
重庆商船专科学校在“江顺”轮开办后，1940年3月轮船租约期满，新校舍尚未建好。学校若续租招商局“江顺”轮为临时校舍，超过原预算很多，不宜继续租赁。经过考察，江北（今渝北区）人和场段家公馆及附近的黄家祠堂，两处房屋非常宽敞，用为临时校舍比较适宜。学校即于1940年3月租借重庆江北人和场的段家公馆和黄氏宗祠临时办校，1942年秋又再迁至江北溉澜溪新校舍。
办学初期，重庆商船学校得到社会各界的支持。三北轮船公司赠送学校珍贵的画图仪器，民生公司提供造船厂给学校充作实习之用，轮船招商局把自己的商船“江顺”轮提供给学校作为临时办学场所。此外，许多人也纷纷以各种方式资助学校办学，如北京大学原教育系主任吴俊升就以个人名义捐款500元，专门用于奖励学校学习成绩优秀的贫困学生。但是，就学校整体而言，却面临着办学经费严重不足的困难。鉴于重庆商船专科学校系异地开办，一切需要重新建设，因此学校经费中的建筑设备费用开支庞大。随着战事的紧张，物资短缺，大后方通货膨胀严重，学校财政屡次陷入危机。由于经费短缺而导致的校方窘迫处境直接影响到教职员工和学生的情绪，这种状况直到学校关闭也未得到缓解。
1943年5月，重庆商船学校学生因学校负责人挪用办学经费出现拖欠学生经费和教师工资的情况，导致群起反对，继而发生在总理纪念周大会上撵走校长的事件。据说事件起因系学校校长宋建勋与训导主任郭恒都是国民党员，但因派系不同而产生矛盾，郭恒为此挑动学生闹事。国民政府教育部不加详查，反而顺势于1943年5月8日勒令学校解散。后在社会各界的强烈反对下，教育部才不得不改变初衷，同年6月下令将学校并入位于重庆的国立交通大学（简称交大）接办。原造船科改为造船工程系，原轮机科改为轮机管理（专修）科，原航海科改为商船驾驶（专修）科。学校原溉澜溪校舍作为交大分校，为交大各系一年级使用。三科（系）均隶属于交大学院，交大继续招收上述三科学生，在1943—1945年期间，共招收商船驾驶、轮机管理以及造船系新生各三届，总计242人。
其实，一所历史悠久的高等航海学校决不会仅仅因为一次学潮而受到当局的遣散或肢解，且在学潮之前国民政府已有停办该校的倡议，细究之下，学校停办应有着更深层次的背景。首先是高等航海教育办学经费的持续紧张；其次是非常时期的高级船员队伍明显过剩；最后是学校本身管理欠佳。生活与教学质量的下降、学校负责人的内讧、学生前途的渺茫等诸多因素叠加，成为学生抗议和学校停办的直接导火索。实际上，随着吴淞商船专科学校内迁学生的陆续毕业，国民党当局觉得其使命亦基本完成，早已有了停办重庆商船专科学校的想法。
(1) 凌鸿勋，1894—1981年，字竹铭，生于广东广州市（原籍江苏常熟），中国土木工程专家、教育家、铁路史研究专家。
(2) 王伯群，1885—1944年，贵州兴义人，中国同盟会先驱、中国近代民主革命先驱、政治家和教育家，1924年，在上海创办大夏大学（今华东师范大学），20世纪30年代开始，逐渐淡出政坛，转向教育救国。
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