清政府于1906年4月设立税务处以统辖海关。同年10月4日，又改组中央政府机构，设邮传部，并设一厅四司：承政厅、路政司、邮电司、航业司、都水司，始有收回理船厅之争议，但总税务司根据条约，均以“理船厅与税关有相互关联之处，不允移交”。1907年6月1日，清政府邮传部设船政等五司，即路政、船政、邮政、电政、庶务。其中船政司“掌全国船政，举凡内港外海各江航业，所有测量沙线，推广埠头，建设公司，营辟船坞，以及审议运货、保险、检查灯台浮标各事，凡有关船政者胥掌焉”。这是中国第一次把船舶运输及与之相关的航道、港、航、运输公司以及船舶查验和保险业等划归一口并称为“船政”，是中国政府建立的第一个专管理航政的管理机构［6］。
邮传部下辖的船政司主管全国船政，具体管理职能包括掌议船律，负责内港外海各江航业，测量沙线，推广埠头，建设船坞，以及审议运货、保险、检查灯台浮标各事，“凡有关船政者胥掌焉”。船政司行政机构办事官员如下：郎中二人、员外郎二人、主事四人、小京官二人，八九品录事无定员。
船政司虽然成立，但对相关航政的管理范围，依旧限于国内。由于没有与总税务司的管理范围实行有效的对接，新成立的邮传部船政司主要面对的还是旧关和国内轮船招商局等一些航运公司。
但是，船政司在此期间，依然孜孜不倦地做了大量航政管理与国内船舶登记方面的有益工作，包括订立《各省大小轮船公司注册给照章程》奏请公布和拟成《航律纲目草案》等。船政司下发轮船表式，目的是登记注册各关理船厅所有进出口轮船的名称、艘数、大小、尺寸，国内各小轮公司的船名、船数，公司从前、现在所定航海管驾、转舵、转帆、防碰、保险、搭客、载货、停泊、拖带、昼夜暗号各项章程均应详细汇齐，报告本部，使船政司有完整的资料档案，“以凭稽核”。(www.xing528.com)
邮传部的船政司负责掌管全国航政，船检业务方面，船政司兼有对民间木帆船进行登记、验丈和质量检查的管理职责。至中华民国1912年4月成立，邮传部被中华邮政部门取代。
1927年4月，国民政府定都南京后，中国人民收回主权和航政管理权的热浪再起，迫于民众的压力，列强不得不放弃海关兼管的船舶检丈、登记及船员考核、事故处理等部分航政管理权，但没有放弃引航员管理、助航建设和管理等权力。1927年5月16日，国民政府交通部成立，下设路政、电政、邮政、航政4司。当时因航政事务简单，由路政司第四科兼理。1928年5月17日，成立航政司，下设第一、第二两科，第一科管理航业行政，第二科管理船舶。1929年12月20日，交通部公布《交通部组织通则》，规定航政局下设3科并明确各自职责。第一科管理航业行政，第二科管理船舶运输，第三科管理航政、航务。1930年12月19日，国民政府公布《交通部航政局组织法》，主要“呈奉国府命令公布实施，凡船员之登记，船舶检查及丈量载线标志管理海员航路等项，均规定为该局执掌”［7］。
抗日战争胜利后，国民政府航政基本恢复战前的旧制，交通部航政司继续执掌全国的航政事务。交通部返回南京后，其航政局机关组织亦有扩充，局机关设立航务、船舶、海事、港工、引水及空运6科。除空运科承办有关航空公司及空运事务外，其他都是管理航政事务的科室。
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