跨境电子商务的最大特点在于通过电子商务平台达成交易，继而借助快递、邮寄等方式通过跨境物流送达商品、完成交易的商业活动，因而有着全球性、无形性、匿名性、即时性、无纸化等特征。而其与传统货物流转方式最大的不同之处还在于货物及服务进出口不一定都经过海关监管，如邮寄。因此，海关和税务部门也不能完整或很难完整掌握到电子商务企业出口的确切信息量。
根据我国进出口税收政策规定，只有通过海关签发的出口货物报关单出口的跨境交易货物，才能退还增值税和消费税。目前跨境电子商务主要通过快递、邮寄等方式出口，首先这些方式是否都在海关监管之下出入境，其次跨境电子商务发生的行为如何适用进出口税收政策，税务部门如何监管。再者从事电子商务企业如何办理相关业务和备齐资料，这些都是跨境电子商务行为过程中需弄清楚的。
从最早推行跨境电子商务的杭州市来看，杭州市在2013年7月设立了中国（杭州）跨境电子商务产业园，目前推行的出口业务模式为“清单核放、汇总申报”，利用信息化手段实现通关全程无纸化，使得企业能快速且规范地结汇和办理出口退税。从园区运作看，海关、外管、检验检疫、税务等部门与电子商务企业一起入驻，这样电子商务企业就能很方便地享受一站式服务。(www.xing528.com)
上海海关对跨境电子商务也主要以“清单汇总报关”监管，目前的一些中小型电子商务为节省成本大都将商品作为个人物品，以快件或邮寄方式通关，因此，海关要求电子商务以月度为单位在系统进行集中申报，海关按一般出口货物监管。
2013年9月，广州市获批为跨境电子商务试点城市，海关总署批复，同意广州在B2C一般出口（邮件、快递）B2B2C、保税出口、B2B一般出口三类业务进行跨境贸易电子商务服务试点。广州市与国内其他城市不一样的地方在于，其他城市要求电子商务企业直接与海关对接，这对一些未接触过外贸业务的企业有困难，广州市则明确有外贸经营业务的服务企业对接海关，将跨境交易和跨境服务区分开来，分工更科学。
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