河南省特色产业集聚区的发展虽然取得了一定成绩，但是也存在如下问题：
（1）特色产业集聚区“集而不聚”，整体水平较低。
河南省是农业大省，特色产业集聚区主要依靠城镇或农村发展起来的，这些产业集聚区主要是劳动密集型的行业，技术含量较低，往往企业规模较小，劳动者的素质不高，技能要求较低，进入门槛较低，通过简单培训和学习就可以开展生产。虽然这样的产业集聚区数量众多，但由于核心企业没有自己的研发中心，产品更新换代较慢，缺乏长远发展的规划，大部分企业只顾眼前利益，整体还处于低端发展状态，没有创新能力，所以必然会被市场淘汰。
由于河南省特色产业集聚区起步晚，特色产业集聚区内部的企业缺乏紧密合作，产业链条不完整，大部分集群企业尚处于初级发展阶段。河南省特色产业集聚区的整体竞争力还不够强大，专业化程度偏低，产业集聚区内部的企业还处于竞争状态，同质化过强，没有形成良好的协作关系，缺乏核心竞争力，遇到危机时不能抱团取暖。目前产业集聚区多数是政府主导通过行政手段组合形成的，区内企业间还没有形成紧密的合作机制，核心企业的创新能力和创新机制还有待加强，产业集聚区的规模还需进一步扩大，以提高市场竞争力。
（2）河南省的特色产业集聚区内外同质性过强。
河南省有180个产业集聚区，其中制造装备产业集聚区90余个，占总数的一半以上；食品制造业大概占到1/3。多数企业只是简单地集中在某一个区域并没有形成完整的产业链条，不具备持续的核心竞争力。
河南省目前形成的产业集聚区多是简单扎堆，彼此间缺乏专业化分工，同类企业低水平竞争严重，如河南新郑的大枣，虽然在国内享有一定的声誉，但仍然是以个体农户为主的种植和管理，大枣质量难以得到整体控制。从河南产业集聚区发展情况来看，除食品制造、纺织等少数几个产业集聚区，其余的聚集度不高，核心产业不完整，产业链条过短，相互联系、互为依存的专业化分工协作网络尚未形成，社会资源利用效率偏低，尚未有突出的集群企业特色。
（3）主辅产业配套合作网络还没有形成，产业链接度低。(www.xing528.com)
河南省特色产业集聚区发展的主要制约因素是内部产业链不完整，相应的配套率低。在产业集聚区培育初期，相关部门重视项目而往往忽视了产业，重视龙头企业的发展而往往忽视了配套小企业的成长，把生产环节看得很重把服务增值看得很轻，这样就会导致产业链不完整，配套企业跟不上，产业集聚区之间没有形成完整的产业链，集群企业的效应就不能得到很好发挥。目前大部分行业的龙头企业没有起到培养行业核心竞争力和引导中小企业进行配套生产的作用，龙头企业和中小企业之间仍然是各自为政的状态，甚至还可能存在激烈的竞争。
（4）特色产业集聚区“特色不特”，区内企业竞争无序。
一般来说，产业集聚区是一个行动共同体，产业集聚区内企业部应该共进退，共同协作。
但是，目前河南省内的多数产业集聚区内部企业产品重复，这样就容易造成内部过度竞争，同时由于部分企业经营者的管理理念跟不上时代的发展，往往不顾集群企业整体利益而只考虑个体发展，引发内部价格战。曾有专业人士这样说：“一遇到客户大家都比着降价，一旦价格跌到成本以下时，只能靠偷工减料或者制假的方法去糊弄别人，这对产业集聚区健康发展造成的伤害是致命的。”国外一些著名产业集聚区，如荷兰的花卉产业集聚区、法国的香槟产业集聚区等均是通过企业集群参与国际市场的竞争，从而创造出了举世闻名的产业品牌。而河南省目前许多产业集聚区特色主导产业优势并不突出，还处于初级阶段，产业集聚区内仅仅是确立一两个龙头企业，主导产业规模小，辐射带动能力差，上下游配套企业衔接不紧密，配套产业链条发展不完善，整体市场竞争优势不明显，尤其是在新兴制造业（智能制造装备、智能电力及新能源装备）和新兴服务业方面更是缺乏特色主导产业。
（5）特色产业集聚区内生创新驱动不足。
河南目前特色产业集聚区企业普遍科技含量低，多数仍以传统产业模式在发展延续，内生产业升级能力不足，缺乏创新驱动力。许多产业集聚区多数仍停留在基于规模扩张和投资驱动的发展阶段，具有国际影响力的高新技术产业偏少，大多还是依赖低劳动力成本、高资源消耗、传统低端产业等。例如河南省农业加工产业属于具有资源比较优势的产业，但主要依靠土地的低成本和当地廉价劳动力的优势，这类劳动密集型产业高投入、低产出、低产品附加值，特别是该类产业的经营主体大多是农民，相对来说文化程度偏低、抗风险能力较弱、急功近利思想较严重，这就在一定程度上抑制了企业生产经营中的创新和发展。
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