迄今为止，ISDS机制在解决国际知识产权投资纠纷上遭到了广泛的批判。跨太平洋伙伴关系协定（TPP）中关于ISDS的内容一直是争议的焦点，改进后的全面与进步跨太平洋伙伴关系协定（CPTTP）因此宣布暂停适用“投资协议”和“投资授权”条款从而使ISDS机制的适用受到极大削弱。在跨大西洋贸易与投资伙伴关系协定（TTIP）谈判中，ISDS机制也是争论的焦点，法国对外贸易部长表示法国反对将ISDS纳入TTIP，德国方面也有反对意见，ISDS在欧盟委员会的确认中引起了很大的动荡。[24]目前，极端排除ISDS机制的还是极少数，持观察态度者的居多。人们对ISDS机制在知识产权投资争端上适用的普遍关切和争议集中在以下两点。
1.对东道国自主监管权的影响
PMA提交给ISDS仲裁庭处理的有关国际投资中的知识产权争端，提醒我们知识产权不仅确实包含在国际投资协定中并且这些条款还可能具有对政府监管主权的潜在影响。[25]担心者认为，平装措施、专利无效、强制许可和临床试验数据的披露是政府试图改善公共健康可能采取的几种措施，而只要知识产权继续属于国际投资条约中“投资”的范畴，国家政府实施的任何有利于公共健康的措施都可能被视为对外国医药投资的干涉，从而启动昂贵和旷日持久的仲裁。[26]知识产权投资争端下投资者指控的东道国条约义务主要涉及FET待遇（包括投资者对政府遵守其条约义务或承诺的合理期待）、征收问题，而对这两方面的进一步分析往往最终会牵涉到政府的自主监管权（Regulatory Autonomy）问题。ISDS机制相对的投资者友好特征更容易刺激投资者挑战东道国的管制措施，各国为了避免受到外国投资者对其在知识产权投资上的挑战或给予符合投资者希冀的投资环境，在制定相应的政策时难免会受到影响。
2.增加了知识产权国际规则的分散性和复杂性(www.xing528.com)
国际知识产权治理一直是高度分散的，这可能是由于知识产权的特殊性，即与知识产权保护有关的问题比较敏感，各国之间存在的分歧较多。国际知识产权条约对知识产权的规定仅是最低标准，这为各主权国家制定本国的知识产权规范留下了较大的空间，因此具体知识产权保护的确切范围需要结合具体的案例确定。ISDS机制常常被纳入高于TRIPS保护标准的贸易或投资协定，这些协定是在多边进程之外为提高TRIPS标准而订立的，因此忽视了TRIPS协定中的限制、灵活性和保障措施，因而特别成问题。[27]而ISDS将允许私人投资者广泛参与知识产权投资争端，案件的分散、多元将会使国际知识产权规制愈发纷繁复杂。
此外，仲裁的一致性问题也让ISDS机制遭遇争议。经合组织2012年的一项调查显示，约1 500个条约中有100多种不同的ISDS条款，这对协调投资法以及仲裁裁决的一致性提出了重大挑战。[28]Gagliani Gabriele认为，虽然国际投资法与知识产权在争端解决层面上的进一步结合并不被希望，但涉及知识产权权利的投资争端可能会进一步揭示出真正的危险和/或即将出现的积极解决办法，因此，从这个意义上说，在知识产权投资争端上累计更多案例后可能有助于更好地确定和处理国际知识产权治理方面的长期问题。[29]尽管ISDS机制在知识产权投资争端适用上存在这样一些问题，尤其是政府在与公益相关的知识产权的管理上对投资者（知识产权人）利益的判断、取舍，涉及投资者与东道国之间的利益平衡，公益的重要性不可否认，但ISDS的价值也不能忽略。ISDS条款本身只是一种执行机制，对仲裁申请人在利用ISDS机制上做出必要限制是解决这个问题的关键。
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