1976年以前，运管费征收由旗交通局和征费单位安排使用。1976年开始运输管理费由锡盟交通局负责，收费总额60%留给旗县（市）运管站，20%上缴内蒙古自治区交通局，20%由锡盟交通局统一管理和安排使用。运管总站1982年成立，各旗县（市）运管站将财务工作移交总站。盟运管总站对旗运管站“人、财、务”三权上收，运管费征收和使用管理执行收支两条线，收费统一上缴，支出按计划下拨。收费总额除上缴交通厅10%，盟交通处留3%，旗交通局留2%外，其余85%由盟运管总站安排使用，其中在1985年盟总站对各站征费试行按比例上缴管理办法。
1991—1996年，锡盟运输管理局对旗县市运输管理所财务实行统收统支，收支两条线管理，旗运输管理所征收的运输管理费统一上缴锡盟运输管理局，运输管理费收入专户，按照“量入为出，收支平衡”的原则，编制年度支出计划，报盟交通局审批后执行。
1991—2004年，运输管理费使用按比例分成，专款专用分级安排使用，盟运输管理部门留85%，上缴盟交通局5%，其中2%返还旗交通局，上缴自治区交通厅10%，其中1%由交通厅统一上缴交通部。1997年，根据内蒙古自治区人民政府关于预算外资金管理暂行办法的有关规定，每年按运管费收入的10%提取经济社会发展资金拨付给地方财政。(www.xing528.com)
1997—2004年，运输管理费收入纳入预算外资金管理，旗运输管理所征收的运输管理费统一上缴盟运输管理处运输管理费收入专户，由锡盟运输管理处统一上缴盟财政预算外资金专户，按照“以收定支”，编制年度支出计划，报锡盟交通局审批，锡盟财政部门备案后执行。
2005—2009年，运输管理费收入纳入预算管理，旗运输管理所征收的运输管理费统一上缴盟财政专户，盟运输管理处与旗县市运输管理所实行“比例分成”，盟运输管理处根据各运输管理所收入编制年度支出计划，报盟交通局、盟财政部门审批后执行。根据内蒙古自治区交通厅、财政厅《内蒙古自治区公路运输管理费征收使用管理实施细则》的补充规定要求，继续实行专款专用，分级安排，用于公路运输管理，其中90%作为盟运输管理部门事业费支出，其余10%上缴自治区交通厅，应上缴自治区部分按规定比例缴入自治区国库。各级交通运输管理部门所需经费，按收入预算编制年度支出预算，经盟财政部门审核后，将款项下拨到盟运输管理处，再由盟运输管理处按照财政部门批复的支出预算下拨到旗运输管理所。
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