2005年修订版的日本《公司法》依据公司规模及公司是否对股份转让作出限制这两个标准，对股份公司进行了重新分类。相应地，在内部监督机制中，提供了4种制度、9种模式较复杂的类型，不同类型的公司可根据实际情况选择适用其中的一种或几种。[7]具体选择方式见表2-3。
表2-3 公司组织结构模式的选择
①股份转让限制即非上市公司。
②《公司法》第2条第6款规定：“大公司”是指满足下列任一条件的股份公司：（1）最近一个财务年度资产负债表中的资本额不少于5亿日元；（2）最近一个财务年度资产负债表中的总负债不少于200亿日元。
关于公司组织结构，日本现行公司法的有以下几个相关规定。
（一）董事会已不再是所有股份有限公司的必设机关，除股东大会外，可自由选择其他机关的设置
在一般情况下，股份有限公司可以采用的最小单位机构设计模式为：董事1名+股东大会。
（二）对于公开公司、监事会设置公司、委员会设置公司（提名委、监察委、薪酬委），必须设置董事会
“三委员会”的产生背景：20世纪90年代以来的经济增长停滞以及金融危机的影响使日本传统公司治理饱受批评，而且国际投资者也很难认同传统公司治理结构中的董事会、监事会等机构的人员组成和功能。为应对这些批评和压力，2002年《商法》、《商法特例法》的修订均引入委员会制，赋予大型公司自由选择治理结构的权利，即大型公司可在委员会制和传统的法定监事制之间自由选择一种，并在公司章程中明确。
“三委员会”的主要内容：在董事会中设提名委、薪酬委和监察委三个委员会，不再设置监事和监事会，其中，外部董事在三个委员会中都占1/2以上，执行层不能兼任监察委员会成员。(www.xing528.com)
“三委员会”的存在现状：截至目前，日本只有少数公司采用了委员会制公司治理结构（东京证券交易所仅有55家上市公司（占2.3%））。[8]这说明，虽然日本出于改革法人治理架构的初衷，引导设立三委员会，以达到相对更为独立、更便于发挥外部监督作用的目的，但在实际操作中基本上流于形式，大多数公司还是采用了传统模式。如丰田、本田、日产三个公司均属于公开大公司，在可选的两种模式中，均未在董事会下设置三个专门委员会，而是选择了“股东大会+董事会+监事会+会计监察人”这种传统模式。
（三）监事及监事会不得与三委员会（提名委、监察委、薪酬委）同时设置
（四）设置会计监查人的前提是，必须设置监事（含监事会）或三委员会
《公司法》中规定监事会及会计监察人的职能职责如下。
监事会：负责制作监查报告，从公司监事中任免专职监事，决定监查方针、业务及财产状况的调查方法及其他事项。（《公司法》第390条）
会计监察人：①监察公司的财务会计报表及附属明细表、临时财务会计报表以及联结财务会计报表，并制作会计监察报告。②可随时阅览、誊写会计账簿或相关文件，或向董事、会计及经理、其他使用人要求相关会计报告，可向设会计参与公司的子公司要求有关的会计报告，或调查该公司及其子公司的业务及财产状况。③会计监察人与监事就上述文件是否符合法令或公司章程有不同意见时，可出席年度股东大会陈述意见。（设监事会公司时，将“监事”改为“监事会或监事”；设委员会公司时，将“监事”改为“监察委员会或其委员”）。④在发现董事（设委员会公司为“执行官或董事”）的职务执行有不正当或违反法令或章程的重大事实时，须及时向监事报告（设监事会公司为“监事会”，设委员会公司为“监察委员会”）。
（五）股东大会是必设机关
在“非董事会设置公司”中，股东大会是公司的最高且万能机关，就公司法规定的事项以及有关股份有限公司组织、运营、管理及其他有关公司的一切事项进行决议。
在“董事会设置公司”，股东大会权限被予以限定列举，股东大会只可以就公司法规定以及公司章程规定的事项进行决议，从而不再具有万能机关的特性。
但是，无论公司是否设立董事会，有关公司组织以及运营基础的重要事项都属于股东大会决议事项。更重要的是，任免公司其他机关成员（董事、监事、清算人等）的人事权掌握在股东大会手中，因此股东大会在法律形式上是公司的最高机关。[9]
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