合作经营类新型职业农民的经营主体以农民专业合作社为代表。我国于2006年通过的《中华人民共和国农民专业合作社法》规定，农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。农民专业合作社是以其成员为主要服务对象，提供农业生产资料的购买，农产品的销售、加工、运输、储存以及与农业生产经营有关的技术、信息等服务。农民专业合作社按照所从事的行业，可以分为种植类、养殖类和水产类。而随着农民专业合作社的不断发展壮大，其合作形式也变得多样化，目前合作形式包括合作社联合社、股份制合作社、土地股份制合作社等。
农民专业合作社作为新型农业经营主体，与农户家庭经营可说是合作共存关系。现阶段农业制度下，农户仍然是农业生产经营的基本主体。社会化大生产前提下，家庭经营无法再局限于自给自足的自耕农经济，以社会分工为基础的商品经济使家庭经营的农户对市场高度依赖，小农户在生产经营中面对市场供求波动，产品流通半径扩大以及与中间商谈判地位低下等风险。联合起分散农户的农民专业合作社，其功能定位于通过联合来提高原本小农户由于分散性导致的较低抗风险性，联合作为整体可以提高面对大市场的议价能力，并且使应用先进技术和生产手段成为可能。农民合作经济以家庭承包制为基础，自发展初期以来以农民技术协会、农民专业协会、农民合作社等多种名称出现，不同时期人们对合作社的认知也自不相同。自身发展中农民专业合作社也存在一定问题。一是合作社“空心化”存在较多，主要有农民参与度低的假合作情况。通过实际调研发现，现实中吉林省只有不足十分之一的合作社能够真正实现符合初衷的合作功能。二是即使是在那些运行良好的合作社中，能人领办类型也在半数以上，运营管理中并没有体现《专业合作社法》中合作章程的初衷，普通农户作为会员的参与范围仍是非常有限。三是《专业合作社法》也从名称上便将合作社业务限定于专业范围，将众多小农户实际中的多种社会诉求排除在专业门外。应从农民专业合作社发展规律角度，结合国情省情，把握对农民合作社作为新主体的新功能。首先，合作社作为农户之间的联合，自然同家庭经营共生共存，家庭经营的发展需要农民合作经济的补充，来解决分散的单个农户无法解决的问题。其次，农民合作社的发展应不仅限于专业生产范围，在我国的农村，村落文化特征突出，相较于经济方面的专业功能，对于合作社来讲，可能综合性的社会功能更为重要，我国的农民多属于弱势群体，在权利维护、社会诉求甚至生活指导等方面与城市差距显著，存在更多联合需求。再次，我国农业家庭经营由于土地承包细碎化导致经营分散，规模极小，即使是自家有限的耕地也可能分散于几处。农民合作社更重要的功能可能应该在于通过联合，倡导在农民自愿的前提下组织生产、共同规划耕地用途。因此，在新型农业经营主体的发展中，农民合作社应充分发挥合作联合功能，引导农业发展自外延式向内涵式转化，突出农民主体地位。实践中通过综合性合作可以刺激农户参与意愿，吸纳更多合作成员入社。农民合作社的功能定位和发展方向，自始至终都应该掌握好其作为互助互利性经济体的本质特性，而不同于共有产权为基础的集体经济。(www.xing528.com)
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