（一）共建共享原则
实行生态贡献补偿遵循共建共享原则，即相关区域有分享生态环境保护和建设成果的权利，也有共同保护和建设的义务。如前所述，虽然生态区和经济区之间存在功能互补关系，但是这种互补具有非对称性。经济区向生态区提供经济服务一般要经过市场交换，除了部分无偿援助之外，大部分是有偿服务；与此不同，生态区向经济区提供的一些生态服务是通过生态系统的物质和能量运动自发实现的，并不能自动给生态区带来经济收入，也就是所谓外部效应。例如，发源于生态区的江河流向经济区，上游保护好水源和植被，下游自动受益，通常不需付费；但是经济区生产的各种消费品通过市场销往生态区，需要收费。如果两类区域之间长期实行非对称功能互补，就可能拉大区域经济发展差距。在区域主体功能没有明确定位时，生态区从自身利益考虑，倾向于加快发展经济以增强本地经济功能，不惜牺牲或削弱生态功能；在区域主体功能明确定位之后，生态区有义务保护生态环境，同时也有权要求经济区通过一定的途径给予经济补偿。
在不同主体功能区之间实行生态贡献补偿的客观依据是生态区为保护生态环境做出了贡献和牺牲，而经济区分享了前者的保护和建设成果又没有支付报酬。实行生态贡献补偿要求经济区向生态区支付它应该支付的报酬。有些区域之间可能存在互相分享对方生态服务的情况。只要不同区域的贡献和分享程度有差异，就存在补偿的必要。但是不能简单把自然资源（如水源）的地理分布和相互影响作为补偿理由。现在国内有些江河上游地区要求下游地区给予生态补偿，理由是上游保护水源对下游做出了贡献和牺牲，一些在下游地区可以建设的工业项目在上游地区却不能建设，因此减少了收入。这种要求是合理的。但是上游有的地方按照流往下游的水量和市场水价来估算需要补偿的金额，下游则持不同意见，以上游下大雨引起下游洪灾为由，反而要求上游给予补偿。这种利益纠纷起于对生态补偿依据的认识偏差，同时也说明在目前体制下由一个区域直接向另一个区域索取补偿费用是难以实现的，而需要上一级政府来管理协调。
（二）补偿途径和方式
从国内外实践来看，补偿途径和方式主要有：（1）财政拨款，用于单一生态功能区和一些生态专项建设；（2）转移支付，这是生态贡献补偿的基本途径，也就是通过国家或上级政府在经济区征税，然后以财政转移支付形式向生态区提供生态补偿费用；（3）专项补贴，用于鼓励和支持耕地、林地、草地和湿地等保护；（4）区域合作，在某些生态区和经济区之间建立更加紧密的合作关系，生态区组织劳动力到经济区就业，经济区为生态区提供某些用于生态环境保护的技术服务，这种合作带有一定生态补偿性质。
按照国家规划，区域主体功能建设要依托行政区，生态区和经济区通常由不同的行政区管理，为了减少矛盾和利益纠纷，一般不宜由生态区直接向经济区索取生态贡献补偿费用，而应由管理有关区域的上级政府组织建立补偿机制：一是通过法律规定生态补偿途径和方式，由中央和地方政府在经济区征税，按照财政收入的一定比例提取生态补偿费，建立生态补偿基金；二是建立科学的生态保护和建设业绩评价体系，由国家组织对生态区环境保护实效进行全面评估，实行转移支付。对全国来说，沿海和中部某些经济发达地区是中央财政收入的主要来源，而西部和中部一些重要的生态保护区域需要给予生态补偿，通过中央财政转移支付途径来实施这种补偿也是必要而可行的。
（三）补偿水平(www.xing528.com)
从理论上讲，当不同主体功能区实现中央和地方规划发展目标并经考核确认后，各地居民应当获得大体一致的收入水平，即人均收入水平差异不大。如果生态区人均收入仍然显著低于经济区，则通过生态贡献补偿应当明显缩小乃至基本消除这种收入差距。确定补偿水平需要全面考虑生态区和经济区的多种因素：（1）生态区保护和建设生态环境的成效；（2）生态区保护和建设生态环境的直接成本，包括人财物的投入和消耗；（3）生态区保护和建设生态环境的机会成本，主要是生态区为保护生态环境所放弃的本来能够得到的经济收入；（4）经济区的经济发展水平和支付能力。由于目前生态补偿机制建设处于试点阶段，还谈不上完善，明显存在缺乏补偿和补偿水平过低的问题。各地生态建设和经济发展水平差异很大，可以根据各地实际情况制定不同的补偿标准，并逐步提高。
（四）飞地补偿
所谓飞地补偿，是指两种主体功能区各划出部分区域，分别由对方来建设和发展。这是目前条件下的一种生态补偿途径。例如，在经济区划出一块地方，由生态区来进行招商引资，发展经济，取得的收入用于满足生态区的需要；在生态区划出一块地方，由经济区来投资进行生态建设。这两个小区域对经济区和生态区来说称为飞地。实行飞地补偿，有利于加强区域之间的经济和生态建设合作和功能互补。
应当指出，上述双重生态补偿的作用是有限的。经济区不能放弃对生态环境的保护，应当尽可能把破坏降低到最低限度；生态区除了禁止开发区之外，限制开发区也可以发展循环经济和清洁生产项目，在基本上不损害生态功能的前提下增强经济功能。
（原载《晋阳学刊》2009年第6期）
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