基因科学发现不可专利的逻辑是：科学发现不可专利，基因功能发现属于科学发现，所以基因科学发现不可专利。这里，“科学发现不可专利”似乎已经是一个没有疑问的共识甚至被奉为专利制度的一项原则。正是这一“原则”作为大前提，从逻辑上将基因发现挡在了可专利主题大门之外。笔者所见，“科学发现不可专利”既非共识更不是“原则”，科学发现是符合专利法宗旨的可专利主题。要论证这一点，需首先重温专利法宗旨和专利制度如何实现其宗旨。
专利法的宗旨与专利制度，“专利制度是给天才之火添加利益之油”这一镌刻在美国商务部大门上林肯名言的实质，是倡导国家、社会以专利权之利益催生人类智力成果，实现专利制度的初衷和宗旨。《美国宪法》之“促进科学和实用技艺的进步”和我国《专利法》的“促进……经济社会发展”均是这一宗旨的体现。在此方面，理论上较为详细的表述通常是，专利权是“政府对自由市场经济的大规模干预行为”，该干预行为“通过调控社会成本与社会收益来增加国家的财富”。[2]换言之，专利权是一种由政府创设的财产权，该财产权对刺激和促进国家经济有着巨大的推动作用。
专利权之所以能够产生上述作用应当归因于专利权的垄断性特征。“垄断”一词常常带有贬义，往往被用以表达反竞争行为。但专利权的垄断性则有所不同，其较为合理的表达应当是政府对潜在的垄断力量附期限的让渡。[3]从全社会的角度看，这种让渡既可以用于积极的方面，也可以用于消极的方面。回溯历史，早在英王伊丽莎白一世时期，专利权是作为个人的优惠被授予王室密友。例如，女王给予一位朋友食盐专卖权，给另一位朋友食醋专卖权，给第三位朋友扑克的专卖权。这些“专利”是完全的消极意义上的垄断，因为它们把原来公共领域可以广泛获得的供货渠道变得更为狭窄，这些“专利权人”就成了相关产品的唯一来源，导致其价格上涨而供货减少。这样的所谓“专利”优惠是对效忠的奖励而不是对创新的鼓励。如今的专利权则完全不同于伊丽莎白给予她朋友的特权，专利权人的权利仅仅针对创新的或非易见性的发明而排斥他人制造、销售、供货、使用和进口。所以，真正现代意义上的专利权只是提供了新技术的控制权，而不是提供公共领域已有技术的控制权。
法律制度对专利权垄断性的认可和实施产生了两个效果：社会代价与社会收益。
第一，社会代价。专利制度为公共领域设置了一系列的短期成本或其他付出。这一点可以从微观经济层面看出，即比较一个没有对产品设立专利的纯自由竞争市场和一个对相关产品设立了专利的市场；后者相对于前者会出现产品供货下降并且价格上涨。
创设并维持一个专利制度还需要相当可观的行政管理费用，美国国家专利商标局就拥有7000名以上的员工，年预算达30亿美元以上。[4]
专利制度的另一社会成本，是不同的公司和个人可能在同一领域从事研发所形成的重复和重叠。因为在一个领域最后只有一个可专利主题被授予专利权，其他未被授予专利权的发明人不但不能得到专利，而且还需从专利权人那里获得许方可免受侵权之债。
另外，由于某些领域一些专利的有效性存在不确定性，导致一些本可以进行的研发而没有研发。研发者担心，如果这些专利有效，而他们又从事了研发，势必白白地付出而无法得到专利；而那些有效性不确定的专利一旦被确认无效，就会使得本来可以进行的研发发明而没有进行。社会为此付出了本可以获得的新发明。
第二，社会收益。社会为专利制度所付出的代价为社会换来了重大的收益。专利权这种有时限的排他权利强有力地激励了新的发明源源不断出现，从而回馈社会。社会因对专利的存在和认可所获收益可以说贯穿一项专利的始终。当一项专利申请公布时，公共领域因信息公布而受益。专利法通常要求所公布的信息应当是可以实施的，如此，其他人可以在该专利失效后利用该发明，也可以在有效期内正当从事相关实验。一旦申请发表，既可阅读、学习、研究其中的信息，同时他人还可以从事同样可以实现该专利的目的但方式却不同的发明，从而避免侵权。当专利得以在一国实施时，即专利权人或获得专利许可的人在专利有效期内实际从事专利技术的生产和销售时，该国的经济必然受益。随之会在总体上促进销售，创造就业机会，激励投资。一旦专利失效，发明就进入共有领域，人人都可免费生产和使用，只要该使用没有被另一专利所涵盖以及法律所禁止。
以上论及专利制度的宗旨时，主要是从发明的角度论证该可专利主题如何具体推动和实现宗旨，这也同时表明发明作为可专利主题已是共识。那么，科学发现能不能作为可专利主题并促进宗旨的实现呢？对此持否定态度的人不论中外的确不在少数。他们认为自然法则、自然现象和抽象观念的科学发现不予专利的根据常常基于这样的认识：发现是“显示自然、人人享有而不属于任何人所独享”[5]的事物。然而，运用已知的自然法则制造新的有用的结果与运用新发现的法则做类似的事情是不相同的。对于前者，除了新的结果之外没有任何新的发现；对于后者，伴随有用的结果产出的同时是自然法则的揭示。在发现人揭示那自然法则的时候，我们不能说给他有限的专利权意味着他取走了人类先前已经拥有的事物，因为当那自然法则未知之时，它也就不被拥有。假定某国某地区自然生长着一种植物，这种植物可以治疗癌症这一人类竭力攻克并耗资巨大的顽疾。有人现在发现了这种植物的疗效，该疗效显然对提升相关科技水平是有益的，而且通过进一步的实验很可能挖掘出其他更多的有用的功能。这里，癌症的致命威胁与治疗癌症的功效两者之间交换的达成可以通过赋予发现人有限的垄断权即专利权而实现。这时，获得专利权的该抗癌植物的发现人所取走的不是人类已经拥有的该抗癌植物的知识，因为在发现人发现并揭示该知识之前，该知识不被人类所拥有。
换言之，对于虽是自然的存在却不为人知的主题，就不能归入公共领域，而如果未知的存在也属于公共领域，那么任何发明、发现、设计都会因属于公共领域而不可专利。所以，对社会未知主题的揭示授予有限的专利权并不会让社会丧失什么，而拒绝专利给社会所带来的损失则是难以计量的。比如在医药领域，排除自然产品的可专利性会明显地降低药厂研发药品的能动性，一个自然产品的发现人就不得不对自然产品做实质性的改变，以便将其归入合成物等可专利的主题范畴，但这么做往往就会降低产品的疗效；另一个消极效果是药品公司会径直决定将发现加以保密以保护其投资。总之，对科学发现提供专利保护能够鼓励研发者投入时间和资源去从事揭示未知自然法则的工作，科学发现作为可专利主题能够推动技术进步、造福社会，实现专利法宗旨。(www.xing528.com)
在实务历史方面，近年来另有学者指出，[6]任何人在自然产品（科学发现）不可专利这个问题上寻求历史上正确答案的努力都是令人失望的。判例法显示，在此问题的历史上并没有统一的答案。20世纪之前，并不存在“自然”产品的法律范畴，当时只有一些规则在跨科技领域规定新颖性、独特性等，未涉及自然产品的来源。到了20世纪30年代，美国专利局就曾经对于分离的自然产品存在两种态度，有时拒绝授予专利，有时又认可并给予专利保护，其中对激素的专利保护就属此类。在对自然产品禁止专利的做法中，也因个案的不同而不同，未见完整的规定。有意思的是，对分离并纯化的产品给予专利的做法比拒绝授予自然产品专利的判例还要早。
在立法方面，我们更是能够看到科学发现作为可专利主题的依据。各国专利法及其实施细则和审查指南所列可专利主题应是立法者或法规制定者认为符合专利制度宗旨的，这当中自然包括科学发明。但如果科学发现也被立法者列入可专利主题，那么至少在立法者看来，科学发现也符合专利制度的宗旨。
检视美国专利法渊源之原文可见，科学发现是可专利的主题。对此，《美国宪法》及《美国专利法案》（Patent Act）（以下简称为《法案》）均有明文规定。
《美国宪法》第1条第8款第8项规定：“为促进科学和实用技艺的进步，对作家和发明家的著作和发现（Discoveries），在一定期限内给予专利权的保障。”[7]
《美国宪法》授权国会推动“实用技艺”之进步，而履行该授权的机制即《法案》。翻开《法案》第100条（Section 100）可见，“发明”被定义为“发明或发现”；[8]第101条（Section 101）有关“可专利的发明或发现”被界定为“任何人发明或发现任何新的有用的流程、机器、产品，物质的合成，或任何新的有用的改进，可以获得专利，只要满足（本法案）规定的条件和要求”。
其实，我国的专利法体系也从侧面表达了基因科学发现的可专利性。我国《专利法》以“促进……经济社会发展”为宗旨，该法第25条第1款第（一）项明文拒绝科学发现的可专利性，那么从逻辑上来说如果给予科学发现专利就有违我专利制度的宗旨。但是，国家知识产权局《专利审查指南》（2010年）（以下简称《指南》）第十章第9.1.2.2项“基因或DNA片段”规定：……如果是首次从自然界分离或提取出来的基因或DNA片段，其碱基序列是现有技术中不曾记载的，并能被确切地表征，且在产业上有利用价值，则该基因或DNA片段本身及其得到方法均属于可给予专利保护的客体。这里的“基因或DNA片段”本是自然界已有之物，分离或提取并非结构上和性质上的改变。分离或提取即使是首次，其性质和意义是其功能的揭示因而仍然属于科学发现。这表明基因功能科学发现在我国已经是可专利的客体。《指南》既然赋予了这种可专利性，而《指南》又是依据《中华人民共和国专利法实施细则》和《专利法》而制定，因此，在我国，我们至少可以说“赋予经分离的基因科学发现以可专利性符合我国专利制度的初衷和宗旨”。
另外，从语义的角度来看，极富权威性的《韦氏大学（学院）词典》对“发明”的明确定义是“发现”（discovery，finding）。[9]而美国的贾尼丝·M.米勒教授在其专著中论及“发明”时所举的例证竟然也是DNA双螺旋结构这一举世瞩目的“发现”。[10]
还有，即使科学发现曾经直至目前都不可专利，那也不等于其不可改变。比如“专利‘三性’标准历史演进以及每一标准的内在发展过程表明，随着科学技术的不断进步和日益多元，专利‘三性’的判断在趋向客观、准确和完善的同时也充满变数和不断面临新的挑战……”[11]这一论断表明，自人类建立专利制度以来，专利标准是可变的。而这种改变只要能够有效地实现专利制度的宗旨，就是应当肯定的。同理，科学发现不可专利的禁忌应当打破，因为该禁忌的建立本身就存在严重的瑕疵，而赋予其可专利性符合专利制度的非显而易见性，将其列为可专利主题的行列，经得住专利制度宗旨的检验。
当科学发现被认定为可专利的主题之后，那么所有以基因科学发现属于科学发现为由主张其不可专利的观点就失去了根据。
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