晚清海关组织，横向上并立征税（Revenue Department）、船钞（Marine Department）、教育（Educational Department）及邮政（Postal Department）四大部门，实为海关的四大运行系统。四大部门中以征税部门为海关之本体，其余则为海关兼管之附属事业，系随着海关势力的扩张而依次逐步形成。
征税部门随海关的建立而形成，是海关四大部门中成立最早、人员最多、规模最大、组织机构最为庞杂的一个部门，也是海关系统的核心部门。其主要职能在于稽查、管理进出口船舶货物，依照税则征收税钞，以及处置相关的行政管理事务。征税部门内部素来又划分为内班（In-doors Staff）、外班（Out-doors Staff）和海班（Coast Staff）。
内班为办理海关内部事务而设，负责关税征收、统计、经费预算、会计、人事、文案和业务报告等事宜，是海关管理机构，具有业务管理和人事管理的决定权。因其成员均在海关办公楼里办公，故名。总税务司署征税部门的全体成员均属内班；各口海关征税部门的内班成员，则包括税务司、副税务司、各等级帮办、供事、文案、司书、录事等。[2]
外班负责检查船舶和稽查、检验货物等事务。因其成员均在码头、验货厂等各种室外场所工作，故名。外班内设各等级总巡、验货、钤字手，以及巡役、听差、门役、更夫、杂役等名目。总巡负责外出巡察，在船舶到埠时亲自登船检查；验货通晓税则并具有商品学识，负责查验货物，确认货物价值、数量以确定税额；钤字手专司来往码头检查客商行李；巡役等名目则属杂勤人员，职位卑贱。[3]
海班管辖海关所有大小船只，负责巡视江海，防范走私。内分各等级管驾、管输，以及炮手、水手、火夫、执役等。由于长期在外执行巡查任务的流动性，加上海关船只数量有限，作为海班主管的管驾官及其所指挥的海关船只，均由总税务司直接指派前往各关区或由一关区调往另一关区。但总税务司的调遣命令须经由所在关区税务司附署生效日期后转交管驾官。管驾官到达调往之关区口岸时，应进见税务司，报告到达，听候差遣，并执行税务司职责内就该关区或沿邻近关区边界的任务所发布的有关命令。每季末，管驾官应向税务司提交送总税务司的敞口呈文、简要报告其船只及船员之现状，并附呈航行日志。[4]
船钞部门始设于同治七年四月三日（1868年4月25日）。其主要职能在于负责海港浮桩、号船、塔表、望楼等助航设施的建造和维护，指泊出入港口船只，测量船只吨位，验察损伤船只，调查失事缘由，验看引水执照等。由于该部门的经费完全来自船钞专款收入，故名。船钞部门的职责有别于征税，本应建立一个不隶属于海关的独立的专门机构。但总税务司认为，筹建一个独立为政的机构，会使船钞专款耗于薪饷。故筹划设立一个并入海关的机构，设置一名海务税务司主事。[5]
同治八年（1869年），总税务司赫德在船钞部门内设置三类机构：其一，营造处（Engineers），参与一切有关改善沿河沿海之航行，改善海港以及监督与此相关之所有公共工程。其二，理船厅（Harbours），委以监督船只锚泊与河道巡吏考试任用及引水之责。其三，灯塔处（Lights），总管灯标部门事宜，尤指管理不久将于牛庄至海南间建立之十五座灯塔。[6]
为便于管理，总税务司将中国海岸线划分为北、中、南三段：北段包括奉天、直隶与山东之海岸，自北纬41°至北纬34°，包括条约规定之通商口岸牛庄、天津及芝罘。中段包括江苏与浙江之海岸，自北纬34°至北纬27°，包括上海与宁波两口岸以及长江之商埠镇江、南京、九江及汉口。南段包括福建、广东之海岸，自北纬27°至北纬20°，包括福州、厦门、淡水、基隆、台南、打狗、汕头、广州及琼州。三地段各指派一名关员专司船钞部之工作，称之为巡查司，名列副税务司级，归海务税务司管辖，分别常驻芝罘、上海和福州口岸，在特殊情事发生或总税务司指令要求时，巡视其辖区段内之各口岸。[7]
巡查司的主要职责有三：其一，专心于所辖各港口及驻地的理船厅职责；其二，定期视察段内各港口，检查当地的浮标及标桩状况、引水情形，及该地理船厅履行港口职责情形等；其三，尤须留意监督段内沿海设置的灯标不灭。[8]
同治九年（1870年）底，为进一步明确各巡查司职责，防止海务税务司权力膨胀、尾大不掉，总税务司裁撤了海务税务司一职。[9]
光绪三年十二月（1878年1月），总税务司发布第38号通令，将中、南、北三段合并，以温州为界划分南北两段，仅设南北两段的巡查司。上海作为北段之中心口岸，仅须负责该段所设灯塔之物料供应，其他各关税务司继续管理各关区灯塔的其他方面。而厦门作为南段之中心口岸，则不仅负责物料供应，且须负责南段所有灯塔的全面管理。[10]
光绪六年（1880年），总税务司进一步撤销南北两段巡查司，改设海务巡工司，由上海理船厅兼任，常驻上海，与常驻上海的总营造司一同协助总税务司主持船钞部门，管理各通商口岸的营造处、灯塔处和理船厅。总营造司负责一切技术、建筑及机械设置等事宜；海务巡工司则负责职员调配、船钞部门的行政事务及理船事宜等。是为此后船钞部门的基本组织格局，直至清末。(www.xing528.com)
船钞部门的设立，是海关第一次大规模兼管海关本务外的业务，也是海关组织结构的第一次部门扩张，由此形成海关组织系统的第二个大部门，其在海关内部的重要性仅次于征税部门。
在晚清海关四大部门中，教育部门异常特殊，且名实颇为不符。虽称其为海关的一个部门，却未见总税务司署或各口海关内有相应机构设立。将其列为海关一大部门，实乃起因于总税务司赫德对晚清同文馆事务之强势介入。同治元年七月（1862年8月）总理衙门大臣恭亲王奏请设立培养外语人才的同文馆获准。是年先开英语科，次年旋开法语及俄语科，其经费之开支，由海关负担。同治四年七月（1865年8月）总税务司署迁入北京后，在赫德的极力献议和帮助下，总理衙门于同治五年十一月（1866年12月）奏请在同文馆内添设学习天文、算术等自然科学的格致馆获准。由赫德代为在欧洲聘请了五名洋教习，教授格致及算术代数各科。初输入泰西学术，遂为后来创设大学之准备，并建筑新校，附设印刷处与观象台。
同治八年（1869年），美国人丁韪良（Martin，W．A．P．）经赫德推荐出任同文馆总教习。此后，海关税务司马士（Morse，H．B．）、帛黎（Piry，T．）、欧礼斐（Oliver，C．H．）等人也先后在同文馆兼任教习。欧礼斐还继丁韪良之后，出任总教习。是故，光绪十四年（1888年）起，赫德将同文馆人员归入总税务司署编制，编入海关职员名录，海关体系内的教育部门遂告形成。
光绪二十七年十月初二（1901年11月12日），光绪帝降谕，把北京同文馆归入新设立的京师大学堂，由是与海关断绝关系。其后，广州同文馆又归并两广的游学预备科，规模极小，无所事事。而总税务司署内的教育部门随之裁撤。
邮政部门是海关系统最迟形成的一个组织。不过，海关兼营邮政事务却早在同治五年（1866年）业已开始。是年，总税务司商请总理衙门将使馆和海关从北京发出的邮件由总理衙门交驿站代办；而上海寄北京的邮件则由总理衙门送交总税务司署开袋分送。由此，海关开始介入邮政事务。[11]
光绪三年（1877年）海关总税务司根据九江关税务司葛显礼（Kopsch，H．）策划的海关试办邮政方案，通令津海关税务司德璀琳（Detring，G．）建立北方各通商口岸和北京、上海等地海关间的邮政业务。光绪四年二月（1878年3月），德璀琳创办了北京和天津间的骑差邮路，并成立了书信馆，于四月（5月）间宣布开放邮寄。江海关、芝罘关和牛庄关税务司也相继设立书信馆，经办邮政事务。津海关还仿照西方国家的邮政章则，制订了邮务章程，并发行邮票。[12]
光绪五年十一月十日（1879年12月22日），总税务司发布通令，任命德璀琳统管各地邮政，推广邮政事务，其总局暂设于天津。总税务司要求各关对德璀琳此后所发有关邮政的指示，应一体遵照执行。并希望各关在不影响海关业务，不增加现行开支的条件下，殷切关注邮政业务，鼎力相助，尽力在当地推行海关邮政业务。[13]为给海关邮政业务的拓展提供充足经费，总税务司还向兼管邮政之税务司提供专款，以支付因设立及维持各海关邮政局而发生的支出。海关邮政所需文具由海关库存提供；邮政表格由上海造册处提供，[14]由是，海关邮政事务进一步推广到浙江等地。
光绪二十二年（1896年），总理衙门接受赫德的建议，开办大清邮政并交由海关兼管。海关系统内的邮政部门方告形成。是年，总税务司兼任总邮政司，总揽全国的邮政事务；各口海关税务司则兼任邮政司，负责管理当地的邮政事务。邮政部门先后另设立邮政总办（Postal Secretary）、副总办和专任邮政司等职，专理邮政事务。[15]
海关邮政部门虽形成最迟，却发展最快。光绪二十七年（1901年）全国各地已有邮政局所300处。[16]光绪二十九年三月（1903年4月）则增至总局33处，总局所辖分局309处，分局所辖支局388处。全国除甘肃兰州尚未通邮外，其余各省省城，均已联络邮寄，形成一个庞大的邮政系统。[17]
光绪三十二年（1906年），清政府设立邮传部，统辖轮船、铁路、电报、邮信四政。宣统三年五月初一（1911年5月28日），邮传部接管了海关的邮政业务，海关邮政部门因此裁撤。
晚清海关四大部门，以征税部门为核心；征税部门内之三班，则以内班为首。内班中之总税务司为全国海关之总首领，内班中之各口海关税务司则为该口海关之首领。
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