集体拥有宅基地所有权。不仅仅体现在法律意义上，更是有集体组织行使和实实在在的支配与控制权力，主要体现在分配和收回宅基地的强制性权力。其中，收回的权力主要发生在农户存在不再使用自愿交回和未批先建、面积超标、一户多宅等违规用地的情况。
农户拥有宅基地使用权。农户对宅基地的使用权是基于成员身份对所有权的一种无偿分享，农民可以长期占有和居住，但是宅基地使用权不能买卖、出租、抵押，使用权发生转移的前提条件是房屋所有权的转移和继承，“地随房走”，使用权转移到新房主。即使是将其定义为用益物权，但是制度上只赋予宅基地“占有权和使用权”，缺少“收益权”一项，用益物权难以落实，因此，使用权所体现的是福利政策支撑下的居住功能，并且宅基地使用权只有在依法批准的、法定数量和标准内才是有效的。
农户拥有房屋所有权。农民对房屋的排他性所有权权能，在中华人民共和国成立初期就被完整地赋予，无论农村土地制度经历了怎样的改革，农民住房所有权从来没有改变。农民的房屋可以买卖、租赁、抵押、典当、转让、继承，并受到法律保护，同时政策也不断阻止政府或集体组织对农民房屋财产权的侵犯。由于房屋是农民自己盖起来的，在法律上也拥有完整所有权，农民对房屋的产权意识较为强烈，在一些地方对祖宅抱有敬祖的心理，甚至认为宅基地也是私有产权。
房屋和宅基地在实物上的不可分割，导致“三权分离”的产权结构存在产权冲突。
第一，宅基地使用权与房屋所有权的协调问题。房屋和宅基地在权能是不对等的，一个是所有权，包括占有、使用、收益、处分；一个是特殊的用益物权，只有占有权和使用权。私有房屋的产权受到宅基地管制的影响，宅基地使用权限制受到房屋所有权流转的突破。对于前者，从1999年起，政策规定“不允许农民住宅向城镇居民出售；农村村民一户只能拥有一处宅基地（房屋）”，表明不能随意买卖房屋；“住房出卖、出租或赠与他人后，再申请宅基地的，不得批准”，表明农民的住房所有权在申请渠道只有一次机会。对于后者，尽管国家是禁止宅基地使用权流转，但是房屋买卖、出租、转让、继承等发生产权转移时，宅基地使用权会随之转移。1986年土地管理法出台以前，政策明确指出“房屋出卖后，宅基地的使用权即随之转移给新房主”，如1963年《中共中央关于各地对社员宅基地问题作一些补充规定的通知》、1982年《村镇建房用地管理条例》、1984年《最高法院关于贯彻执行民事政策法律若干问题的意见》。土地管理法出台后的政策文件和法律中看不到这样明确的规定，只是在1989年《国家土地管理局关于确定土地权属问题的若干意见》、1995年《确定土地所有权和使用权的若干规定》《中华人民共和国继承法》中在对使用权认定时，提到房屋转让、买卖、继承时，新房主可以获得宅基地使用权，但是1982年以后就开始实施宅基管制，制定宅基地面积标准，宅基地使用权只有在规定面积标准内才是合法产权，超过部分是要退还集体的。所以，当前对住房财产权的探索不等于宅基地财产权的赋予。随着农房抵押试点地区的增多，宅基地不得抵押的法律规定正在面临越来越大的挑战。
第二，城镇居民的宅基地产权如何界定。实际中存在的城镇居民拥有宅基地和房屋情况远比政策规定的复杂，存在获得时间和情况的区分，由于缺乏有关的法律制度规定，政策陷入执行瓶颈。主要体现在：(www.xing528.com)
1999年5月6日以前城市居民购买农民的住宅，在1999年5月6日以后申请宅基地使用权登记的怎么处理？
城镇居民和非本村集体成员的村民通过继承取得的房屋能否予以宅基地使用权登记问题。如果按照1995年《确定土地所有权和使用权的若干规定》中规定的“继承房屋取得的宅基地，可确定集体土地建设用地使用权”，是可以拥有使用权的，但是按照1999年“39号文件”又是禁止的。
城镇居民和非本村集体成员的村民作为受赠人通过接受赠与获得农村的房屋所有权的，其一并获得的宅基地使用权的产权如何界定？
第三，“一户一宅”、面积标准的制度与私有产权存在矛盾。
土地管理法作出“农村村民一户只能拥有一处宅基地”的规定，但是“一户一宅”中“一（农）户”和“一宅（处）”如何界定，缺乏相关法律解释。
在房屋所有权发生转移时，宅基地的使用权是会随之转移的，这是个人合法私有产权下的土地使用权的合法占有，但是如果通过房屋流转，获得的宅基地面积与原有宅基地各级面积超标的，超出部分没有合法产权，日后重新规划建设时，按照各地规定的面积标准重新确定使用权，就会侵犯个人私有产权。
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