收益分配问题则是宅基地补偿的核心，是引发农村宅基地退出整治中各项社会问题的根源。收益分配存在问题表现在以下两个方面：一是收益标准多少的问题。尽管政府强调土地增值收益全部返还农村，但宅基地退出往往在政府的主导下，农民很少有机会参与其中土地增值收益的分配，造成在实践中农民权益未得到保护，农民在宅基地退出中补偿不足。在某些地区，政府和村民就对于宅基地转变为集体经营性建设用地入市的赔偿表达不同看法，因宅基地退出转变的行为需要通过土地整治才能调整入市，因此政府以基本地价进行给付，而村民则要求按照征收的标准来实现。
二是收益分配比例的问题。学术界一般认为，增值收益的产生主要源于城乡土地区位的差别，而这种差别可使土地用途转换时产生巨大的级差地租收益，一方面是地区经济发展带来的地价增值，因城镇化的发展而对城郊农村进行规划后吞并；另一方面是用途改变带来的增值，即耕地或宅基地转变为城镇商品房用地或工业建设用地而产生的增值。因此增值收益分配的主体为政府、集体和农户三者。政府作为交易中介以税、费的方式收取少量利益，而集体收益除村庄建设等公共用途外，归农户所有。如湖北宜城按成交亩平均单价分段累进缴纳调节金，体现“价高多调、价低少调”，形成公平共享的国家、集体、个人土地增值收益分配机制。而浙江义乌市则首先通过核算基准地价，对域内地价进行汇总，并颁布《义乌市农村集体经济组织宅基地收益分配管理指导意见》，对分配的收益进行确定，除定额的公益事业建设资金外和成员收益外，剩余部分作为公共建设用途。义乌市政府、村集体与农民的土地增值收益分配比例为40∶11∶49，即在确保农民收入的同时，政府也有相应资金用以土地开发建设。关于多方利益主体之间的收益分配比例，各地做法不统一，计提提留比例和农民占比是矛盾的焦点，并且集体作为集体自治组织在村内部分配方式上拥有多数人的决策权，也是引发农民之间纠纷的原因。总之，宅基地节余指标交易所获得的收益在政府、村集体和农户之间如何分配也是一个有待进一步探索的课题。(www.xing528.com)
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