理论上讲，碳排放权的初始分配较为优化的方法应该是市场导向性的拍卖，因为这种方式较为公平、透明和有效率。但实际上，在第一、二阶段，EUETS 主要采取免费分配的模式，遵循国家分配方案（NAP）：各成员国自行制定碳排放权总量，进而自主决定本国各行业的企业分配状况，并将本国的这一分配方案统一回报到EUETS 的管理委员会。NAP 的使用频率在第一阶段占了高达95%，第二阶段达90%。前两期的这种免费分配模式的施行与各国具体国情有很大关联：由于参与减排的各国经济发展水平、减排法律建设和政治体制具有较大差异，颁布一个统一的减排标准将会受到巨大阻力，面临各国不断争论和决定长期延迟的风险。因此，为保证减排任务的顺利进行，NAP 是当时的较优解。
随着EUETS 体系的不断完善，欧盟在第三阶段转型为以拍卖为主的分配模式。为保障转型过程平稳顺利，欧盟首先准备了过渡方案：对免费发放配额的机制没有完全摒弃，对原有的部分设施继续执行，并且在其基础上加入了基准法的运算规则：不同行业采取了不同比例的免费配额额度；而在每一行业内，欧盟首先设立一个基准值，这一数值是该行业内碳效率最高的10%设施排放量的平均值。此后，将这一基准值乘以该行业设施的产出量就得出了每一个既有设施能免费获配的配额。该免费分配模式的保留在铝业等在全球范围内有竞争性的行业中居多，以此保护有关国家，避免其在竞争中受到冲击。
除开上述适用于部分既有设施的过渡方案外，其余所有配额均采用公开拍卖的方式：其中，88%分配给普通参与国；10%分给经济和制度建设较欠发达的东欧国家；2%作为分给在前两阶段进行有效减排的国家的额外奖赏。(www.xing528.com)
对于即将到来的第四阶段，欧盟将继续免费分配配额，以保障具有碳泄漏风险的工业部门的国际竞争力，并将更新行业基准值和生产因子，以提高免费分配的针对性。
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