根据上述对基于生态创新的矿产资源密集型区域可持续发展的内涵界定，对系统建设主体及影响因素分析，可将基于生态创新的矿产资源密集型区域可持续发展系统的运行机制描述为：
在生态创新观念驱动下，区域政府通过对资源有偿使用、生态补偿、税收调节、环保政策、创新政策的制定，形成生态创新正式制度；而通过生态创新正式制度的制定和宣传，又促进了人们价值观、财富观、生活习惯和思维方式向生态创新非正式制度的转变。
在生态创新制度的影响下，区域政府一方面加大对创新人才培养引进，加大创新资本的投入，积极建设创新基础设施，形成良好的区域创新环境；另一方面，区域政府通过对环境专项资金的投入、环境产业的投入、环保科研的投入，促进区域环境质量的改善。区域政府通过创新制度建设、创新环境建设、环保产业投入，既改善了区域的自然生态环境，又为区域经济、社会的生态发展提供了条件，有利于区域长期竞争优势的形成。(www.xing528.com)
另外，政府利用生态创新制度对企业、市场、个人、非政府组织进行约束、激励和引导；企业在生态创新制度激励和引导下，在大学科研机构和中介组织的协作下，优化组织结构、管理制度，实施生态技术创新，形成企业生态创新文化。区域内的矿业企业在生态创新的驱动下，利用矿产资源禀赋优势带来的财富，通过上下游产业链的延伸或发展非矿产资源产业，逐步摆脱对矿产资源的强依赖性，使企业在增加收益的同时，既取得环境收益又取得社会收益，逐步形成企业的长期竞争优势，进而推动区域的自然生态环境、经济和社会的协调、持续发展。其具体的运行机制如图3-5所示。
图3-5 基于生态创新的矿产资源密集型区域可持续发展运行机制（虚线框内为政府行为）
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