相比区域性和跨区域性的一般崇拜，妈祖崇拜则明显表现出它的特殊性。妈祖崇拜主要是东南沿海诸省的区域性崇拜，但更是从事海洋经济的人们虔诚至极的业缘崇拜，因此妈祖又成为专门的海洋保护神。
妈祖又称天妃，俗名林默娘，各种文献记载的有关传说不尽相同。据《东西洋考》卷九载：“天妃世居莆之湄洲屿，五代闽王时都巡检林愿之第六女也”。天妃为北宋初年人，“始生而地变紫，有祥光、异香。幼时通悟秘法，预谈休咎，无不奇中。乡民以疾告，辄愈。长能坐席乱流而济，人呼神女，或曰龙女”。年30余时升化。“厥后常衣朱衣飞翻海上”，显灵佑民，常常救肋海难船只和过往客商，这种慈悲善良而又勇于献身的精神，加之贤惠窈窕的女性特征，传扬开去，便成了女神的传说，成了涉海人们所企盼的保护神。海神庙宇因此开始出现。“湄洲在莆田东南七十里海中，旧有天后庙，神故居也。庙创于宋，至我朝康熙间重建，厥后屡有修葺。”[61]从宋徽宗时开始有了敕封，但真正被人们作为航海守护神是在海运繁忙的元代，至元十五年（1278年），因海运得神佑，元世祖制封妈祖为“泉州神女”，又封为“护国明著灵惠协正善庆显济天妃”。[62]这是妈祖第一次封为“天妃”。明代又有多次敕封，诸如“圣妃”“天妃”“天仙圣母青灵普化碧霞元君”等。清代敕封有增无减，并且由明代的“天妃”，上升为“天后”，直到道光六年（1826年），为海运加封“安澜利运”四字，直接点明林默娘由“天妃”“天仙圣母”上升为“天后”的神灵内涵。在民间，商人渔民更亲热而又尊敬地称之为“妈祖”。[63]
妈祖崇拜虽然首先是福建乡土崇拜，但是由于海洋行业的流动特点及其在不测风险中对保护神的企盼，妈祖崇拜很快传播开来，为东南各省和海外华人所接受。船民的每一样活动都不忘礼拜妈祖，以修船为例，“须于修理之前，选吉日良辰，于渡头一侧焚烧箔纸冥衣，供奉三牲（猪鸡羊或猪鸡鱼）及饼与香烛，船中之妈祖棚前亦供香烛。船主、伙长、总管礼拜之，以修补之事告诸海神船魂，嗣后方可行修补之事”。[64]航海者出海前，都要祈风和祭海，但更重祭天妃妈祖。商人对妈祖的崇拜除了平安之求，还有发财之愿。所以大凡属沿海各省商人所建会馆皆奉祀天后圣母，大中型商船上都安设天后神位，沿海各处和许多岛屿都建有大小不同的妈祖神庙。商人们时刻祈求妈祖无所不在地护佑自己平安发财。因此，他们是修建妈祖神庙最积极的倡导者和捐资人。嘉庆年间，莆田涵江商人见本地天后官遭受附近灰窑的污损，即向地方官呈报：“切涵江地临海澳，为商贩货运之区。古就霞徐铺创建神宫一所，前殿崇奉累封天后圣母宝像，后殿附祀圣父、圣母暨龙王尊神，偏设斋房、会馆，延僧供奉香火，附近商民无不仰叨默庇，水陆咸赖。”要求拆去灰窑，勒石永禁，并出资庀材兴修。[65]
当然，东南沿海商人对神灵的崇拜并不是单一的，迫切的实用性的功利动机使他们产生多神崇拜，而风俗性的地方色彩又使他们选择若干神灵作为主神。他们往往把妈祖和关帝放到一起来顶礼膜拜，这是他们在多神崇拜中必选的两尊主神。(www.xing528.com)
泉漳之有会馆于申，由来已久矣。崇武帝之行宫，舟楹丽日；拓圣母之宝殿，紫拱参天。旆可反风，劫超回禄；符能赦水，怒息冯夷。舶客南来，秩凡筵而顶礼；篙师北至，荐芹藻而心虔。斯固我圣我后之灵，抑亦都人士之福也。[66]
行船则加舟神，[67]还有的加上观音等等神灵。[68]对于关帝和妈祖，商人的功利动机是不同的，关帝的意义常在于伦理道德，当然也不失庇佑；妈祖则在于庇佑：
夫上属泉漳会馆，吾闽中邑人所创建也。邑者三：龙溪、同安、海澄也。会馆者，集邑人而立公所也。会馆而有庙，有庙而春秋祭祀，遵行典礼者，盖生逢国家升平之日，设关招商，遐迩毕至。吾邑人旅寄异地，而居市贸易，帆海生涯，皆仰赖天后尊神显庇，俾使时时往来利益，舟顺而人安也。且吾邑人聚首一堂，而情本枌榆，爱如手足，更仰赖关圣尊神灵佑，俾使家家通达义理，心一而力同也。[69]
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