1.建设项目管理制度不健全，岗位设置不合理
行政事业单位往往把建设项目管理的重点放在前期项目立项审批上，忽视了制度建设和过程系统控制，管理方式比较粗放，行政干预较为普遍；建设项目内控制度建设滞后，不能适应现阶段单位建设项目的快速发展，部分建设项目管理虽也出台了一些内控制度和措施，但不全面、不协调、可操作性差，甚至出现“有法不依，执法不严”的现象，内控流于形式，没有真正发挥应有的作用。
建设项目管理岗位设置不合理，岗位权限划分不明确，导致工作衔接出现真空地段或多头管理现象。建设项目周期长、跨度大，建设单位管理存在薄弱环节，相关人员的管理水平不高、专业素质低。有些管理人员并不懂业务，也不主动学习，出了问题就借口自己不懂来推脱，这显然是缺乏责任承担意识以及责任追究制度不完善的体现。
建设项目的流程梳理不全面。立项、预算、招标、施工、监理、验收、决算等环节涉及的流程都较为复杂，很多行政事业单位流程梳理不到位。对于风险识别与评估，由于专业能力不够、认识水平不足，使相关人员过多依赖主观判断，造成有的潜在风险被忽略，为后期内部控制埋下隐患。没有建立财务状况风险预警系统，无法对建设项目各个环节可能产生的实行有效监控，未能对风险信息及时做出反馈和应对，导致产生一系列风险问题。
2.项目可行性研究不严谨，设计方案不实用
行政事业单位争取建设项目态度积极，但基本建设项目的设计和考察论证能力较为缺乏。单位决策者自身的责任意识不够强，决策工作存在盲目性，缺乏严格的审批程序，导致建设项目并不一定符合单位的实际需要，单位的实际资金使用和计划使用状况相脱离，进而造成了项目预算与实际执行结果差别较大或者产生了有可能引发项目失败的风险，使财政资金的使用效率大大降低。
同时投资决策缺乏科学性，投资决策不准确，将给后期工作埋下隐患，如某项目可行性研究并不充分，而项目已经投入大笔资金进行施工，但因为土地使用权存在争议，最后不得不停工，造成重大浪费。建设项目立项的投资规模批复的依据来自设计概算，部分设计单位或个人对设计概算的作用和意义认识不足，只认为投资概算是招标设计组成部分，而忽略了概算的重要性，进行预算编制时，没有对工程建设项目开展可行性分析和论证，没有按照规定到施工现场进行深入勘察和研究，工程建设项目的数据和资料缺乏真实性和完整性，项目预算情况脱离实际。没有依据目标成本机制对工程造价预算进行审核，概预算偏高，使工程项目中标价格失真。甚至个别建设单位为使项目顺利获批，在概算设计时有意遗漏部分工程，中标后就改变工程结构和设计，减少工程量，致使价格管理先天不足。建设项目的设计方案缺乏实用性和适用性，不仅容易导致建设项目出现安全隐患的风险，而且还容易造成建设项目成本过高的风险。
3.建设项目招投标风险
一些行政事业单位的招标部门工作经验不足，虽然单位内部有制度，但缺乏可操作性，使招投标在一些关键问题和环节上难以把握。行政事业单位建设项目招投标阶段的风险主要表现在以下方面。
招标代理机构选择不当，可能导致流标，而再次发布招标公告势必会拖延时间，从而影响了建设项目的顺利进展；资质审查不够严谨，在审查施工单位资质时，建设单位和招标部门等存在“怕得罪人”的思想，有时为照顾关系，导致投标单位资质等级相对偏低的现象；招标内容不完善，由于各个单位的发展需要，基建项目时间紧，工程量大，有些部门仅对主体工程进行招标，其他附属设施工程规避招标，或技术指标不一致的项目强行合并招标，给评审工作带来极大困难。
招标人和评标专家执行规章不够严格。招投标专家都由业主聘请，评标组长由业主担任。业主是专家的领导，又是雇佣方，因此评委对业主的依赖性和附属性很大，从而难以真正独立地进行评审。专家素质参差不齐，往往缺乏相应的社会和市场知识，因此在把关上显得力不从心。部分专家受不良社会风气的影响，在招投标过程中对部分竞标单位给予特殊关照，从而出现泄露标底和预算、左右评委等现象，导致招标工作违法违规、中标人实际难以胜任等风险。
4.建设项目施工及资金结算风险(www.xing528.com)
未对监理工作建立完备的监管机制，监理机构不独立。单位建设项目管理人员往往集项目建议书申报、招投标、项目实施等各项管理于一身，从头管到尾，权力过于集中。而监理单位过多依赖于建设单位的判断，或者与施工单位关系密切，相互串通，导致监理作用难以发挥。此外，监理人员在工作过程中自主性不够、责任心不强，对施工单位的工程变更意见审查不严、盲目认同，工程造价失控，超概算严重，造成了严重的资金浪费。
施工单位在施工过程中随意拖沓工期，造成项目延期和资金浪费，或者因赶工产生工程质量隐患；施工现场控制不到位，缺乏必要的监督和检验，导致施工操作不规范、质量不达标、重复施工、偷工减料等问题；施工安全管理责任划分不清，管理不到位，未落实安全管理制度和安全规程，未实施必要的安全组织措施和技术措施，存在安全隐患。
在项目建设过程中，不按项目的预算批复执行，违规或超标建设楼、堂、馆、所，随意变更工程项目，项目建成后运行成本过高，造成预算超支、投资失控、工期延误等现象，导致财政资金被极大浪费。部分行政事业单位不重视建设项目的变更管理，没有规范的变更管理流程，导致建设项目变更比较频繁，出现预算超支、投资失控或者工期延误的风险，进而影响了单位其他相关工作的顺利开展和单位的长远发展。
在项目价款结算时，部分行政事业单位对于建设项目资金的结算没有按照合同指定的时间给予落实，而且对资金和建设项目的管理比较混乱，未按照工程进度办理结算，资金使用管理混乱，导致工程进度延迟或中断、资金损失等。建设资金管理不严，财务管理不规范。单位领导和财务人员对于基础设施建设项目的财务管理制度不够熟悉和了解，存在擅自改变资金用途、将基建资金与单位的其他经费混在一起使用的情况，这直接造成工程项目的直接费用核算和间接费用的归集数据不准确，从而影响工程造价的真实性；财务人员的监督职能没有得到充分发挥，其工作仅限于建设过程中的会计核算，项目财务管理职能被人为弱化。
5.竣工决算风险
对竣工决算的重要性认识不足。行政事业单位往往对项目的可行性研究、概算批复、项目建设施工、竣工验收等过程的关注度和重视程度更高，而对后续的项目竣工决算普遍重视不够。竣工验收条件不明确，验收程序不规范，验收方案缺乏专业型和科学性，导致验收质量不高，无法发挥竣工决算应有的作用。
竣工财务决算数据不准确、不完整。主要体现在未按照规定单独建账单独核算，建设项目账簿设置不科学、不合理，收支核算不规范，部分项目未按照批复要求对单位工程和分项工程设置辅助核算，费用归集不准确，会计核算与项目概算之间存在较大差异，超概算支出等等。
建设项目管理不到位，竣工决算资料缺失。部分重大项目建设周期长，项目跨度大，建设单位管理存在薄弱环节，不了解建设过程需要关注的重点环节和需要收集的资料目录。项目竣工财务决算编制所依据的经批准的可行性研究报告、初步设计、概算及概算调整文件，政府采购审批文件、采购合同、招标文件及招标投标书，施工、代建、勘察设计、监理及设备采购等合同，历年下达的项目年度财政资金投资计划、预算，工程结算资料和有关的会计核算及财务管理等相关资料留存不完整，导致无法规范、科学、完整地做好项目竣工财务决算的编制工作，后期收集补充难度大、时间长。竣工财务决算时间过长，未按照《基本建设项目竣工财务决算管理暂行办法》要求，执行“项目完工可投入使用或者试运行合格后，应当在3个月内编报竣工财务决算，特殊情况确需延长的，中小型项目不得超过2个月，大型项目不得超过6个月”的时限规定。
在决算时没有开展竣工决算审计，并且对于一些超项目预算金额较大的变更，既没有详尽的纸质变更材料，也未履行审批程序，仅由个别领导一人进行决策。
办理竣工验收和决算审计不及时。有的工程项目在竣工验收过程中不规范，把关不严，未编制竣工决算，造成固定资产价值不能及时入账。有的虚报项目投资完成额，虚列建设成本或者隐匿结余资金，竣工决算不真实。有的项目不及时办理资产及档案移交，资产未及时结转入账，形成账外资产。
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