1991 年4 月恢复南昌市供销合作社建制以后，分别设置了党委办公室、行政办公室、保卫科、财务审计科、劳动工资教育科、综合科、农业服务科、工业基建储运科等8 个科室，编制35 人。与1979 年5 月至1983 年12 月的内设机构相比，将秘书科改名为行政办公室，业务科改名农业服务科（同时挂基层指导科牌子）、市场综合科直接改名为综合科，各科室职责没有发生变化，随后撤销保卫科，并入工业基建储运科（同时挂保卫科牌子），将原属党办普法职责并入保卫科（从第二个五年普法工作开始），并增设了纪检监察室。
2002 年全市机构改革，根据三定（定编制、定岗位、定人员）方案，重新设置了科室，分别是组织人事处、纪检监察室、行政办公室、企业改制处、经济发展处、财会审计处、行业管理处和机关党支部等8 个处室。由于企业面临改制，各处室的相应职责也发生了变化，劳资教育科改名为企业改制处，业务科改名为经济发展处，综合科改名为行业管理处，工业基建储运科（挂保卫科的牌子）撤销，工业基建储运有关业务合并到财务审计处，安全保卫业务合并到行政办公室。由于南昌市是江西省省会城市，在这次机构改革中，内设机构由科改为处，但仍然是正科级单位。各处室的职责：
一、行政办公室
1.综合协调市供销社政务工作；
2.综合性会议的报告，汇报材料及重要文件起草；
3.公文管理及文印、秘书、机要保密、档案信访、政务信息、宣传报道、史志和接待等工作；
4.参与拟订有关法规规定；
5.组织重要会议，负责会议决定事项的落实；
6.协调机关内部的工作关系，制订机关工作制度；
7.机关后勤工作；
8.指导本系统综合治理、安全生产和维护稳定工作，指导、检查内部防汛抗灾及物资的组织工作。
二、组织人事处
组织人事处是在市供销社党委领导下的工作职能部门。主要职责是：
1.市社机关及直属企业单位的干部考察，办理干部职务任免事项；
2.人事、机构编制及政策性安置等工作；
3.组织指导市社机关及直属单位工、青、妇等工作；
4.市社机关老干部的管理工作，指导市直属单位的老干部工作。
三、纪检监察室
纪检监察室直接对口上级部门是市纪委、市监察局，监督检查机关行政和下属企业经营活动。
1.认真贯彻落实执行上级单位和供销社党委下达的文件精神和各项工作任务；
2.配合党委搞好本单位及所属单位落实党风廉政建设责任制的任务；
3.预防与查案相结合，确保机关行政和企业经营工作的正常开展；
4.防止违规、违纪的案件发生，自觉接受机关和企业干部职工的批评与监督；
5.接待所属单位有关来信来访工作，处理好本系统违法乱纪案件。
四、企业改制处
1.指导社属企业制订改革与发展的总体规划、年度工作计划；
2.对社属企业改制方案进行研究审查；
3.指导供销社企业转机建制、建立现代企业制度工作；
4.社属企业单位的劳动保障、退伍军人的安置工作；
5.研究制订全市供销社的教育发展及干部职工培训规划，并组织实施；
6.协同市劳动和社会保障局归口管理本系统职业资证教育培训的审批、备案及开展职业技能鉴定工作。
五、财会审计处
1.遵守实施国家有关财务、审计、税务、信贷的政策、法规、制度及供销合作社发展和管理要求的财务、会计、审计等方面的规章制度；
2.指导供销合作社系统财务、会计工作，抓好扭亏增盈、优化财务结构工作；(www.xing528.com)
3.指导、协调供销合作社系统社有资产的管理和经营；
4.审核、汇总、下级供销社和直属企业的会计报表，向社领导和有关部门提供财会及企业经营的有关信息和资料；
5.市社机关经费管理，负责市社直属企业的财务监察工作，制定、下达市社直属企业的有关财务指标，并进行监督、检查和考核；
6.对市社直属企业单位经营状况、年度决算、离任经济责任、任期经济责任等方面进行审计，会同有关部门负责本系统重大投资项目及基建项目的审计工作，协助有关部门检查处理违纪、违法行为。
7.供销合作社系统内部审计工作的业务指导，建立内部审计规章制度。指导、管理市社直属企业单位的内部审计工作。
8.参与市社直属企业重大经营活动和项目投资决策的咨询认证，督促检查直属企业重大投资项目的执行情况，制定本系统基建规划及监督和实施；
9.完成市社领导交办的其他工作。
六、行业管理处
1.供销社烟花爆竹经营管理工作；
2.指导本系统预测预报相关的市场信息、物价管理工作；
3.指导本系统职工队伍思想政治工作、精神文明建设；
4.依照法律、法规、政策、协同有关部门管理本系统质量、标准和认证工作。
七、经济发展处
1.本系统招商引资工作；
2.根据国家有关方针、政策，协调系统重大科技开发、技术引进、科技攻关和推广应用工作；
3.编制本系统经济发展战略、中长期发展规划和年度发展计划；全系统经济综合统计和运行态势的监测、分析工作；
4.全系统经济的政策调研和为政府拟订地方政策法规提供资料和建议；
5.指导县、区供销社理顺基层供销社的组织体制，建立和完善本系统为农业生产和农村经济发展服务的体系；
6.指导协调全系统棉花等重要农副产品、农业生产资料和农村专业合作社、农村商业、农村饮食服务业的经营管理工作。
八、机关党支部
1.宣传党的路线、方针和政策；及时传达上级和党委的指示精神；
2.组织机关干部职工认真学习党的理论知识、科学知识和业务知识；
3.做好机关干部职工的思想政治工作；
4.积极培养建党对象，做好发展党员，搞好党建工作；
5.做好争先创优工作。
市社直属企业完成改制任务后，为不断适应新形势的发展需要，2007 年11月市社机关对各处室的工作职责进行了修订，对各自的职责进行了细化，并增加了经济发展处和企业改革的职责（分别增挂了合作指导处和经营管理处的牌子）。
2006 年市社机关增设政策法规处，作为内设机构，不在“三定”编制中。
南昌市供销合作社科级干部任职情况表（1962 年—1968 年）
南昌市供销合作社科级干部任职情况表（1979 年—1984 年）
南昌市供销合作社科级干部任职情况表（1991 年—2013 年）
续表
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