2013年，华大持续投入资金和扩增研发团队，对技术进行转化与再创新，开发了可投入产业化应用的临床测序仪BGISEQ-1000，改变了我国生物科技企业长期处于基因测序产业链中下游的格局。
2014年，华大测序仪BGISEQ-1000获得CFDA（国家食品药品监督管理总局）认证，同时获批的还有胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13）检测试剂盒（联合探针锚定连接测序法）、胎儿染色体非整倍体（T21、T18、T13）检测试剂盒（半导体测序法），这是CFDA首次批准注册的下一代基因测序诊断产品，标示着我国生物技术领域基因测序关键技术的重大突破。
2015年，华大发布首款自主研发的国产化桌面型测序仪BGISEQ-500，集约化了CG又黑又大又重的“黑铁塔”测序仪。BGISEQ-500于2016年获得CFDA认证。这是一款具有世界领先水平并可量产的高通量测序仪，具有精准、简易、快速、灵活、可拓展等特点，并全面覆盖科研、生殖健康、现代农业、病原识别等领域。
2016年，华大智造发布小型化台式测序仪BGISEQ-50，于2017年获得CFDA认证。这是一款更专注、更小巧、更精简的高通量测序平台。采用高精密部件，内置独立的样本加载试剂槽和全自动试剂针穿刺系统，在简约化的结构中自动集成样品加载、测序和分析等功能。BGISEQ-50体积小巧，易于安放，运用范围广泛，不仅全面支持临床领域和科研领域的基础测序应用项目，即使在高海拔下的低气压环境中也能正常运行。(www.xing528.com)
2017年，华大智造重磅发布MGISEQ-2000和MGISEQ-200两款测序仪，于2018年获得CFDA认证。MGISEQ-2000基的双芯片独立运行平台，支持两种不同规格的芯片，为使用者提供更多元化的选择。其单次运行能够完成最大1080G的下机数据，在PE100读长模式下满负荷运行仅需不到48小时，一年的运行通量相当于1000个以上的人类全基因组数据量。MGISEQ-200则是保留了BGISEQ-50方便灵活的特点，在PE100读长模式下满负荷运行产生60G的下机数据仅需不到48小时，平均一天就能完成24个肿瘤样本的快速检测。
2018年，华大智造发布全球日生产能力最强的超高通量基因测序仪MGISEQ-T7，单日数据产出量高达6Tb，每天可完成60例人类全基因组测序。以前，十万人级别的基因组测序可能需要4到6年的时间才能完成，现在，仅需6台华大智造T7，一年时间即可完成。
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