2007年，因科研思路、方向判断和科技管理体制等原因，华大离开体制来到深圳。作为改革开放的窗口和前沿阵地，深圳环境包容、机制灵活，给了华大更大的自由发展空间。深圳盐田依山靠海、坐拥良港，地方政府为华大制定了“不问产业、不逼税收、全力保障”的特殊政策，支持华大坚持从生命科学的第一性原理——生命中心法则出发，坚持结构决定功能的科学判断和从科学工具入手的系统论科学方法，重视从基础科研做起，掌握科学原理和核心技术。华大来到深圳后，发表的顶级文章数量远超对深圳市政府所允诺的数量，为此，当时深圳的领导感到惊讶之余，发现难以兑现巨额奖金承诺，特地做了一顿红烧肉犒劳华大科研人员，留下一段佳话。
同样是在2007年，美国Illumina（原为Solexa）公司基于边合成边测序方法的高通量测序仪开始投入市场，基因科技迅速迭代突破，国际科技竞争越来越激烈。
2007年，在深圳市政府的支持下，华大完成了第一个亚洲人的基因组图谱，次年Nature杂志刊登了这篇封面论文。2008年1月22日，由中国、英国和美国的科学家组成的“国际协作组”，在深圳、伦敦和华盛顿同时宣布国际“千人基因组计划”正式启动。“人类基因组计划”是华大主动要求加入，而“千人基因组计划”则是华大首先提出，实现了从同步到跨越。2010年10月Nature发表由中、英、美等国联合发起的“千人基因组计划”第一阶段成果：绘制了迄今为止最详尽的人类基因多态性图谱，标志着人类基因组研究进入一个划时代的新阶段。2012年11月，“千人基因组计划”的最新研究成果更高精度遗传变异图谱在Nature发表，这对于人类遗传病的研究来说，是又一个里程碑式的科研成果。(www.xing528.com)
在这个阶段，华大科研渐入佳境，也陆续完成了多个重量级的物种测序项目，在深圳创造了历史，成为生命领域民营企业科研实力的最强者。
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