1990年，“人类基因组计划”由美国启动，英、日、法、德先后加入。
而华大的四位创始人汪建、杨焕明、刘斯奇、于军虽身在海外，却一直关注基因组科学、“人类基因组计划”的进展，1997年11月20日，中国遗传学会青年委员会第一次会议在张家界召开，汪建、杨焕明等人参与此次会议，并决定抓住机遇，加入“人类基因组计划”这一生命科学的竞争中。
几位创始人的想法得到了中科院领导和部分同行的支持，1998年8月，在中科院遗传所的大力支持下，中科院遗传所人类基因组中心得以成立。在这个过程中，汪建等人四处奔走，筹备资金、组织团队并筹建实验室，他们拿出全部身家两百多万元，购买了测序仪。同年，提出了加入“人类基因组计划”的申请。
1990年至1999年，欧美国家的基因科学发展水平远超中国，华大处于成立前的筹谋与酝酿阶段，这一阶段，中国的基因组学也正处于跟踪跟随的追赶期。
1999年7月8日，华大几位创始人的申请被批准，同时人类基因组计划网站公布了中国承担1%任务的消息，中国成为“人类基因组计划”的第六个、也是最后一个参与国。(www.xing528.com)
由于场地有限，创始人团队决定把工作地点搬到北京顺义空港开发区，1999年9月9日，华大正式成立。
2000年6月26日，时任美国总统克林顿与英国首相布莱尔共同宣布人类基因组工作框架图绘制完成，他们感谢各国科学家的参与，同时特别感谢了中国的科学家。不久，时任国家主席江泽民在中南海接见了包括杨焕明、汪建在内的参加了“人类基因组计划”的各国科学家代表。“人类基因组计划”的参与使中国步入世界生命科学的舞台。
2000年，华大开始启动水稻基因组项目；2002年4月，华大成立后不到三年时间，华大主导的水稻基因组工作框架图学术论文以封面文章发表于世界顶级学术期刊Science。2005年2月，水稻基因组计划“精细图”研究成果也获得发表。
水稻测序项目是华大自主启动、独立完成的第一个大型项目，向世界全面展示了华大以及中国在基因组学科领域的科研实力。水稻起源于中国，对于中华民族来说，更具有重大意义，因此，华大启动了中国超级杂交水稻基因组计划。该项目的启动也与日本科学家出现了竞争。项目期间，华大全面冲刺，进行技术攻关、科学攻关，目标是赶在日本完成测序前，率先向全世界发布水稻框架图。最终，在时间、技术、经费的三重压力之下，华大依然率先完成。水稻项目的成功，是华大发展史上的里程碑，使得华大在国际生命科学领域完成了从参与到接轨的转型。
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