生态保护补偿制度是实施主体功能区规划的重要配套制度。粤北山区等重点生态功能区为了保护生态环境作出了牺牲，付出机会成本，对广东省经济社会可持续发展作出了贡献，因此要对其进行生态补偿，逐步提高生态区域基本公共服务水平，促进欠发达地区贫困人口共享改革发展成果。建立稳定的投入机制。拓宽资金来源渠道，建立健全省级生态保护补偿资金投入机制，发挥财政资金的引导和带动作用。逐步加大节能环保、农林水、国土海洋气象等领域专项资金对生态保护补偿的投入力度。加大省级预算内投资对生态保护统计监测等基础能力建设的支持力度。按照中央部署，将森林植被恢复费、地方水利建设资金、水资源费、海域使用金、探矿权采矿权使用费及价款等资源收费基金和资源有偿使用收入统筹用于相关领域的生态保护补偿。落实国家税收制度改革部署，扩大资源税征税范围。完善重点领域和重要区域补偿机制。按照山水林田湖系统治理的要求，加大对各类补偿资金的统筹力度，探索对重点领域和重要区域的综合性补偿办法。实施奖补结合的重点生态功能区转移支付机制，通过提高系数等方式，逐步增加对重点生态功能区的转移支付。推广重点领域专项资金因素法分配的做法，综合考虑生态保护指标考核体系等因素，加大对重点领域和重要区域的支持力度。探索推进横向生态保护补偿。鼓励受益地区与保护生态地区、流域下游与上游通过资金补偿、对口协作、产业转移、人才培训和共建园区等方式建立横向补偿关系。鼓励珠三角地区与粤东西北地区结合横向生态保护补偿完善对口帮扶机制。
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广东生态补偿改革的地方探索
2014年，中山市出台《关于进一步完善生态补偿机制工作的实施意见》，成为全省首个制定纵横结合、统筹型生态补偿政策的地级市。所谓生态补偿的横向，是指补偿资金由同级地方政府间转移支付，纵向则是指由上级政府统筹后转移。因为需协调地区间利益，横向生态补偿历来是推广的难点。
与此同时，珠海也在开展生态补偿方案的改革，首设地方生态保护补偿专项资金，由全市统筹，除了设置横向上各区（功能区）财政对补偿资金的分摊，还对饮用水源等重点生态保护区实施激励性生态补偿。
以珠海斗门区莲洲镇为例，该镇是全市重要的饮用水源保护区和基本农田保护区。2014年该镇财政一般预算收入仅2302 万元，不及珠三角一些发达镇收入的零头，这一收入与支出相比，缺口逾8000 万元。以往的支出缺口主要靠斗门区财政来补。(www.xing528.com)
2014年3月，珠海市出台《莲洲镇生态保护补偿财政转移支付方案》，按照“因地制宜，分类考核”“谁受益，谁补偿”和“补偿与激励相结合”三大原则建立激励性生态补偿转移支付机制。“方案”推出后，莲洲镇便获得生态补偿专项资金2847 万元，其中补偿性部分1837 万元由除斗门外的其他各区（功能区）共担，激励部分约1010 万元由市本级财政拨付。
资金用途方面，补偿性部分将用于弥补该镇教育等基本民生支出缺口；而激励性部分主要用于生态环境保护、提高民生支出水平、发展生态农业、发展生态旅游业及其他社会管理等方面。
珠海针对莲洲镇设立的生态保护补偿专项资金，通过引入激励性资金，引导发展生态农业、生态旅游业等产业，使得莲洲镇在保护环境的同时，充分利用生态资产获得一定的经济利益，有利于形成生态保护的长效机制，激发农村经济发展的内生动力。
（资料来源：南方网2015年11月30日）
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