能源互联网的运行指的是能源互联网生态系统中的各相关方遵循一定的规则进行经济活动的有序行为。相关方中起引导或制约作用的个体或组织称为关键运行主体，关键主体的行为就是运行的影响因素。在能源互联网的不同发展阶段，不同相关方在系统中的地位和影响力会有变化。其中，技术革命对生态系统发展的影响不受所处阶段的限制，是持续不停的动力引擎。
1）业务达成
业务达成是能源互联网生态系统运行的根本动力。对能量交易达成的匹配和追逐，协调了生产者和消费者的供需要求，促进了输配商和交易商的效率提升，系统在动态平衡中得以运转和完善。
在成熟的能量交易市场中，供应信息和需求信息进行快速的匹配筛选，供应商和消费者根据匹配程度进行供应量、供应质量和供应价格的修订，进而极力促进交易的达成。由于信息交换效率高而成本低，多次信息匹配和业务达成的结果，将促使生产者对能量供应的方式和质量进行优化，以企缩短交易时间，抢占市场份额，这就促进了生产端的优化；将促使输配者对能量输送的方式和路径进行优化和进一步建设，争取更多的能量流通，促进输送端的优化；将促使消费者对能量使用的方式、质量和效率进行取舍、调整、优化，缩短匹配时间，达到用能的最佳性价比，促进消费端的优化。
业务达成过程中，能量供应和需求不能快速匹配时，对供需质量的调节不是即时的，只能以标准控制，但对价格的调节是可以的。实时价格机制，一方面促进了业务的快速达成，使能量得以快速流通，减轻了调配系统的压力；另一方面通过对生产者成本和消费者成本的直接影响，调控生产习惯和消费习惯，进而对整个系统的优化起到一定作用。这也是还原能源商品属性的意义之一。
在传统的集中配送式能量交易中，虽然也有实时电价机制，但常常是消费者基于配电公司划定的波动价格进行用能调节，并不能对输配系统和生产系统起到结构层次的反馈、优化、改进等作用，反而是消费者只能通过牺牲一部分生产能力或调节自身固有的消费行为，为输配和生产系统的低效率买单。因此，传统的能源供需管理是一种被动式的管理，从系统的角度看是一定程度的资源浪费。
2）影响因素
影响能源互联网运行的关键因素包括消费者的需求、生产者的压力、政府的导向、业务达成的规则、行业组织的作用和能源技术的进步等。在能源互联网构建之初，政府的引导和规范作用十分关键；随着能源互联网的发展，业务交易平台和行业组织的作用逐渐突显；在成熟的能源互联网运行中，生产者的供应和消费者的需求成为主要的影响因素。
能源技术的不断创新推动能源降本、增效、清洁，是不受发展阶段限制的运行正向推动因素。然而，能源技术应用的时机与创新成本、先发风险、企业积累、政策扶持等因素有很大相关性。新能源技术和市场的不确定性，使得研发和入市风险很大，不少资金雄厚或具有垄断地位的企业倾向于坐等他人创新而后收购成熟技术乃至创新企业。中国新能源产业发展至今，出现了许多知识产权不清晰、新技术一哄而上、盲目扩张等引发的先发劣势现象。如果先发创新收益不能得到有效保障，行业交流与协同创新就更加无从谈起。通过能源技术的创新带动能源互联网的发展，前提是构建一个敢于创新、乐于创新、有能力创新的研发应用环境。政府作为市场秩序的维护和监督者，设定创新保护和产业调控的深度、广度、侧重点非常重要。
能源互联网构建之初，新的消费习惯尚未养成，规模及业务流量有限，新模式盈利有不确定性，业务交易平台和行业组织的服务能力较弱，政府必须担当引导、规范、裁判的责任。能源互联网能否运作起来的关键因素就是体制是否适合、政策是否得当、制度是否合适、补贴是否到位、奖惩是否可行。这个时候的能量生产方和服务提供方的成本消化有待业务的成长和能源互联网的生长完善。
能源互联网建成并运转一定时间后，准入、控制和补贴等制度相对稳定，消费者的新习惯渐趋养成和新需求渠道建立，生产者的多元化供给能力和市场化适应能力增强。此时，政府即开始转变主体地位、淡化核心影响，让能量生产方和服务商根据市场需求自我调节，实现利益最大化。但是系统的不成熟和相关方的不完善，投机行为、非正当竞争、隐含性欺骗、无序开发、垄断性经营等都可能出现，法律法规和政府的政策推动、行政监督及中介评估、行业标准规范、消费者联合行为等发挥引导、规范、协调等作用。这个时候的能量生产方和服务提供方，一方面可获得政府的支持，另一方面在非完全市场机制下争取利润。
能源互联网运转成熟后，将形成互利共生的多元化从业者群体，基于能量交易达成的消费者需求和生产者供应是系统运转的根本驱动力，这时候生产者和消费者是关键主体双方，材料和设备供应商、输配商、业务和交易商、投资商、中介服务方等是利益相关方，行业组织和政府等监督方是市场秩序规范方。
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