（一）不同形式基金税负不公，诱使市场避税套利动机强烈，税收流失严重。基金的不同组织形式各有不同的适用领域：契约型运作效率高，但道德风险较大，适合于需要快速决策且可借助信息披露机制防范道德风险的证券基金；公司型能通过法人治理较好防范道德风险，适合于信息高度不对称的股权投资基金；合伙形式则介于二者之间。但是，由于合伙型基金的税负明显低于公司型，契约型私募基金更处于税收盲区，诱使市场避税套利动机强烈。据不完全统计，截至2013年二季度末，各类私募基金合计规模约26万亿元。其中，处于税收盲区的契约型基金达24万亿元。按年回报率15%、个人投资者占比为60%、投资者综合税率加权平均为30%计算，每年造成的税收流失已超过6000亿元。此外，约1.5万亿元合伙型基金为实现彻底避税，也往往先将众多投资者打包成契约型投资计划，再投资于合伙型基金。这样，基金和投资者都不纳税。
（二）政策缺乏统筹，导致创业投资基金税收优惠政策大打折扣。2007年我国借鉴国外做法，针对公司型创投基金出台了应纳税所得抵扣政策。2008年发布的《企业所得税法》也明确规定：“创业投资企业从事国家需要重点扶持和鼓励的创业投资，可以按投资额的一定比例抵扣应纳税所得额”。但是，由于对公司型创投基金的基础性税收政策是将其视为法人企业，双重征税带来的额外税负往往高于其可能享受到的税收抵扣额，所以从税收考虑，市场主体宁愿选择其他组织形式。(www.xing528.com)
（三）缺乏差异化资本利得税，不利于鼓励长期投资和支持创新创业。我国虽然有资产转让税，但该税种参照偶然所得实行单一税率，不同于国外按投资期限实行差异化税率的资本利得税，无法起到鼓励长期投资的作用。近些年股权基金竞相投资于短平快项目，对中早期创业创新项目进行长期投资缺乏耐心，一个重要原因便是缺乏对长期投资的激励。
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