清代康熙六十一年（1722），陈师曾得旧抄袁本《读书志》，校订刊刻。袁本《郡斋读书志》自此流行。乾隆年间修《四库全书》，所收即袁本。《四库全书总目》说：“《郡斋读书志》四卷，《后志》二卷，《考异》一卷，《附志》一卷。……以此本与《经籍考》、互校，往往乖迕不合。如京房《易传》，此本仅注三十余字，而马氏所引，其文多至十倍。又如宋《太祖实录》《太宗实录》《建康实录》《汲冢周书》之类，此志本仅述其撰人时代及卷数而止，而马氏所引，尚有考据议论凡数十言。其余文之多寡，词之增损互异者不可胜数。又希弁《考异》称，袁本《毗陵易传》，衢本作《东坡易传》；袁本《芸阁先生易解》，衢本作《吕氏章句》。今《经籍考》所题，并同衢本，似马端临原据衢本采掇。然如《晋公谈录》《六祖坛经》之类，希弁《考异》称，袁本所载而衢本所遗者，今《经籍考》实并引晁氏之说，则当时亦兼用袁本。疑此书已经后人删削，不特衢本不可复见，即袁本亦非尽旧文，故与马氏所引不能一一符合欤。又《前志》子部序录称，九曰小说类，十曰天文历算类，十一曰兵家类，十二曰类书类，十三曰杂艺类，十四曰医家类，十五曰神仙类，十六曰释家类。而志中所列小说类《鸡跖集》后即为《群仙会真记》《王氏神仙传》《葛洪神仙传》三种，是天文算等五类全佚，而神仙类亦脱其标目，则其他类之残阙，盖可例推矣。然书虽非旧，而梗概仍存，终为考证者所取资也。”可知修《四库全书》时，未得见衢本，衢本较袁本内容更丰富。但《四库全书总目》称袁本有残阙，实是因陈师曾刻本错简所致。嘉庆年间，吴县人汪阆源得旧抄衢本，经黄丕烈、李富孙校定，刊行于世。光绪十年（1884），王先谦得汪刊衢本与陈刊袁本。他以汪刊衢本为主，博采诸家所藏及旧抄本，校衢袁两本之异同，辨其讹误，字疏句剔，“推求晁氏著论之旨以证诸本之得失，可云用心勤而致力专者也”。（《郡斋读书志》郭嵩焘序）王先谦所校定的衢本《郡斋读书志》20卷，于光绪十年在长沙刊刻。
自清代嘉庆以来，在热心于版本目录的学者中间，掀起了一股针对《郡斋读书志》的扬衢抑袁热。张元济对这一热潮的原委始末叙述得十分清楚：“嘉庆间，瞿中溶得不全旧抄衢本，汪阆源刻家塾旧抄衢本，一时矜为秘笈。瞿氏撰《衢本考辨》一文，倡为两本优劣之论。钱大昕《十驾斋养新录》，阮元《进书录》，钱泰吉《曝书杂记》各有载笔，乃至近人王先谦，莫不推波助澜，附和瞿说。或病袁志子部脱佚五类而疑后志非赵氏原书；或夸衢本收书多几及倍而目袁志四卷为不全初稿；或误马考舍袁取衢，引为两本优劣之判。”张元济偏爱袁本，因此对嘉庆以来的扬衢抑袁之说很不以为然。(www.xing528.com)
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