北宋目录学的学术思想受宋代社会整体学术思想的影响，以尊崇儒学为核心理念。中国古代传统学术思想自西汉罢黜百家，独尊儒术以后，一直以儒学为核心。自汉至宋一千年间，儒学虽受佛道两教思想的冲击，甚至在唐代中期以后一度对自身的学术形态也产生过怀疑，但儒学在社会学术体系中的首要位置并未得到改变，实际上儒学已经“成为国家体制的一部分……开始更多地以一种法典化、制度性的方式对社会生活发生作用”[18]。目录学著作对这一现象有直接的反映。在宋代，儒家学说在社会学术思想体系中的主导地位在几乎所有的世俗目录著作和目录学家的学术思想中都得到充分的体现：现在所能考知的所有宋人综合目录，皆以“经”为第一部类，即为明证。尊奉儒学，并在很大程度上以儒家正统学术观念来确定各学科的思想分野和学术价值是宋代目录学思想发展的重要思想基础，也是中国目录学思想发展过程中最根本的特点。
受经学风气的影响，宋代目录学家对儒学的尊崇体现出与前代不同的特点。以宋初所编纂的《龙图阁书目》为例，该目在经部设立正经类，著录诗、书、礼、易、春秋五经，而将乐经亡佚之后仅著录教坊、琵琶、羯鼓之类音乐书的乐类从六经中剥离，归入在正经类之外另设的乐类，虽仍属经部，但地位显然已与其他五经不同，实际上更加纯洁了经部的著录内容。这种做法显然是受到了宋代儒学观念的影响。宋代儒学在研究方法上的一个重要特点就是“舍传求经”。所谓的“疑经”，恰恰是为了否定经书中的“非经”因素而恢复圣人经典原貌。朱熹就曾否认《诗序》的作者是孔子，进而提出：“今人不以《诗》说《诗》，却以《序》解诗，是以委屈签合，必欲如《序》者之意，宁失诗人之本意不恤也，此是《序》者大害处。”[19]可见，朱子否定《诗序》为孔子作正是为了维护《诗》的经学权威。欧阳修在《孙明复先生墓志铭》中则说：“先生治《春秋》，不惑传注，不为曲说以乱经。其言简易，明于诸侯、大夫功罪，以考时之盛衰，而推见王道之治乱，德于经之本义为多。”[20]这更明确地说明宋儒尊经疑传以及崇圣的治经思路。这种自唐代中后期就已经出现的学术研究特点，说明宋儒对出自圣人之手的六经元典极为尊崇，而对非圣人或者可能不是圣人亲撰著作的经典性提出了质疑。所以，没有圣人亲自参与编纂的乐类书籍，自然不能与其他五经同列为正经。析出乐类的做法就在一定程度上突出了其他五经的正统地位。这一分类改革与宋代儒学“尊经崇圣”的精神实质是契合的，符合宋代儒学的发展潮流。从这个角度来看，较之此前各个时期，北宋学者对正统儒家学术思想更为尊崇。
而从世俗目录对佛道两教的态度来看，奉儒学为正统的思想同样十分明显。从汉至宋，佛老等“异端”思想在世俗目录学中长期受到不同程度的排斥：《七略》未设佛道类目；《七录》虽设二类，却以“外篇”名之；《隋志》以附录形式设立且未著录书目。入宋后，《龙图阁书目》《崇文总目》先后将释书、道书正式设为子部下的一个二级类目，虽然佛道两教在目录学中的地位较之《隋志》《新唐志》中有了一定的提高，但与这两种学术的社会地位与学术思想水平相比，仍是不相符合的。其原因在于这两个学科的核心思想与儒学存在严重的对立。以佛教为例，作为宗教的佛教思想，其剃发出家、不娶妻生子、见人主不跪等修行方法与儒家的封建礼法道德存在严重冲突。这些表面的现象上升到思想层面上，就被儒家视为“不忠不孝”之举，触及了儒家道德伦理的底线。而作为哲学的佛教，其出世哲学与儒家的入世观念更是它们在世界观和认识论方面难以逾越的思想鸿沟。更为关键的是，儒学的这些伦理纲常是维系封建社会组织结构的重要理论。自唐代起，儒学家们就看到了儒佛思想之间存在的这些可以说是根本观念上的差别。排佛最为激烈的韩愈就认为佛教思想使社会道德沦丧，而至于“弃而君臣，去而父子”[21]。宋初石介亦批评云：“灭君臣之道，绝父子之亲，弃道德，悖礼乐，裂五常。……释老之为怪也，千有余年矣，中国蠹坏，亦千有余年矣”[22]。而朱熹则痛斥佛教说：“佛老之学，不待深辨而明。只是废三纲五常，这一事已是极大罪名。”[23]显然，在儒学家看来，建立在厌世、出世的思想基础上，破坏了传统社会关系结构的佛教是绝对不能容忍的。因此，在以儒学家为主导的中国学术体系中，佛教常常以批评对象的身份出现。周敦颐、张载、二程、朱熹、欧阳修等宋儒，尽管在理论中都有对佛学的借鉴，但他们往往声称自己站在佛学的对立面。故而作为社会学术思潮映像的目录学，长期以忽略佛教书籍存在的方式表述着儒学对佛学思想的态度。面对这种生存困境，佛教开始有意识地汲取儒家思想中的某些方面，如对儒学所推崇的纲常伦理，忠孝观念的接受与宣扬。如《佛说盂兰盆经》本身具有强烈的善恶因果、轮回报应意味，但在此经的目连救母文中，其宣讲的主旨是报母恩思想，契合了儒学的忠孝观念。类似于这种迎合儒学思想的变化，在佛教唐宋以后的解经著作中较为常见。契嵩在《辅教编》中说：“吾虽不贤，其为僧为人，亦可谓志在原教而行在孝论也。”[24]尤其是当深层次融合儒学思想的禅宗形成以后，这种新的佛学思想迅速得到了相当一部分儒学家的认可，宋儒对佛教的批判虽然一如既往的激烈，但在民间，无论是以个人身份存在的宋朝皇帝，还是宋朝的士大夫阶层，以至于底层百姓信佛参禅，已经成为一种社会风气。在这种环境下，不管对佛教持何种态度和立场，儒学家都开始尝试了解佛教。北宋不少儒学大师都与佛教关系密切，即便是以反对佛教为重要主张的理学家，也不可避免会受到佛学思想的影响，以至于出现了“阳儒阴释”现象。《宋史·张载传》云：“年二十一，以书谒范仲淹，一见知其远器，乃警之曰：‘儒者自有名教可乐，何事于兵。’因劝读《中庸》。载读其书，犹以为未足，又访诸释、老，累年究极其说，知无所得，反而求之《六经》”[25]。而程颢“自十五六时，与弟颐闻汝南周敦颐论学，遂厌科举之习，慨然有求道之志。泛滥于诸家，出入于老、释者几十年，返求诸《六经》而后得之”[26]。而北宋佛学整体理论水平已经非常接近发展了近两千年的儒学，甚至已经对儒学的发展产生了重要影响。全祖望就说：“两宋诸儒门庭路径，半出入于佛老。”[27]显然，北宋佛教的发展已经使目录学不得不正视佛教之地位，释书入子部正是由此带来的结果。(www.xing528.com)
尽管佛学的社会影响、学术水平都达到了与儒学并立的地步，但在思想领域中佛学仍不可触动儒学的绝对权威。如前所述，宋代儒学家，尽管在理论中对佛家思想有所汲取，但在态度上对佛教的批判是从未改变的。从现存的宋代目录学著作来看，无论官修书目还是私撰书目，都是将影响巨大的佛教书籍置于子部之末，表面看较此前目录将佛教书籍作为附录收录更为重视佛教书籍。但相对于佛学此时的社会地位、理论水平，儒家目录学者崇儒抑佛的思想是显而易见的。这种思想贯穿于目录学发展的整个历史，无论佛教的社会影响如何巨大，佛学的整体理论体系如何严谨发达，其地位在古代学术体系中至多属于子部之一类，儒学之正统地位是佛学永远无法动摇的。
目录学的这种学术思想影响是极为深远的。如果抛开儒学思想作为统治学说的地位，而从儒学的学科性质来看分类法，古代目录学实际上是将哲学这种总结自然知识、社会知识、思维知识等基本规律，追求世界的本源、本质，以确立哲学世界观和方法论为内容的社会科学作为其第一关注对象的。这种思想的影响不仅在于古代社会。时至今日，我国主流的图书分类法仍遵循了这个原则。目前国内图书馆较为流行的中图法，亦是将马、列、毛、邓的著作作为第一类，将哲学作为第二大类。科图法则更大程度地继承了传统目录学的学术思想，它将马列毛著作列为第一类，哲学著作列为第二类，历史学列为第三类，文学列为第四类，此后则为艺术与自然科学等类别。科图法的前四种简直就是古代四部分类法的当代形式。这两种目前国内最为通用的图书分类法，同样体现了对哲学的重视。
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