20世纪50年代由于生产国际化、国际竞争以及科技革命的飞速发展，许多国家想通过建立与发展贸易型自由港和自贸区来参与国际分工，提高劳动生产率以及国际市场竞争力，获取更大经济效益。在这一过程中，无论是发达国家向外转移还是发展中国家接受和建立新的产业，或者促进国际贸易，都要选择较为有利的区位。由于巴拿马具有特殊的地理位置、便利的交通条件以及悠久的贸易历史，科隆自贸区便应运而生。
科隆自贸区始建于1948年，1953年正式投入运营。巴拿马地理位置优越，但国内市场容量小，科隆自贸区在20世纪60—70年代采用的是转口贸易运营模式：即科隆自贸区贸易公司从世界各国进口商品，然后再以批发销售方式把商品再出口到拉丁美洲和加勒比地区。在运营早期，科隆自贸区占地面积仅38公顷，仅有几间小仓库，11家公司，营业额仅有2240万美元。此时，国际商品交易还不发达，并且中南美洲又远离亚洲地区，科隆自贸区的建立使得巴拿马附近国家的商人都来此采购货物。由于货物少但需求量较大，自贸区内的公司只要能够找到货源就能够很快将商品销售出去，并获得5—10倍的利润。此时科隆自贸区的公司多采取仓库经营方式，即在仓库门外设有小橱窗，里面陈列着几种展品，而真正的畅销商品却不轻易展示。这些公司都是以电话或者电报的形式与国外客商联系，交易数量和金额都较大，但是每个公司的商品种类并不多，并且交易方式单一。这种交易方式短时间内确实给科隆自贸区内带来了繁荣。(www.xing528.com)
科隆自贸区的转口贸易发展非常迅速，年进口额在20亿美元左右，并且逐年增长，一度成为西半球最大的自贸区。进口与转口商品主要有：轻纺工业（服装、鞋与电子产品）、工业机械、运输工具、原油、化工、医药和食品（香蕉、虾、蔗糖）。到20世纪70年代，科隆自贸区的销售市场主要包括墨西哥，中部加勒比海等国家以及南美的巴西、阿根廷、智利等国家。在此期间，科隆自贸区内建立的公司由最初的十几家发展到了300多家。
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