两岸贸易，福建得天独厚，自贸区推出一系列创新举措，推动对台通关贸易便利化。
一是简化原产地证管理。福州海关全国首创“简化CEPA以及ECFA项下货物进口原产地证书提交需求”措施，使得每票货物至少减少通关时间1—2天，节省通关成本8%。厦门海关提高通关作业自动化水平，对CEPA、ECFA项下优惠贸易进口的企业，无需提交纸质原产地证书。厦门检验检疫局简化原产地证申领手续，企业注册改为备案，取消年审，实现全程无纸化。
二是加快闽台监管互认。福建检验检疫局对台湾地区出厂的小家电、白酒等，采信台湾地区认证认可和检验检测结果。厦门检验检疫局采信第三方检测结果，对符合条件的台湾地区输往大陆地区消费品，试行在当地完成标签加注，在报检时实行资料核验。他们还加强与台湾地区有关机构的对接，开展货物进出、贸易统计、原产地证书核查、“经认证的经营者”（AEO）互认等方面合作，实现双方信息互换、监管互认、执法互助。
三是推动车船便捷通关。在福州，台车进入前只需办理货运企业、车辆的备案手续，且车辆可运输携带货物入境；同时简化台湾地区小型汽车入闽临时车辆牌照手续。厦门检验检疫局对入闽台车实行一站式服务及24小时查验，便利台车入闽；对厦金客轮实施分类管理，凡符合要求的船舶采用电讯检疫，省时达50%。(www.xing528.com)
四是试点海运快件业务。厦门有关方面简化海运快件的移场监管手续，支持经金门中转的厦台海运快件业务。福州有关方面在平潭客运码头实施快速施检，设专窗快速办理通关手续，实现海运快件常态化。厦门检验检疫局利用两岸海运快件平台，实现检验一次申报、一次查验、一次放行，对台海运快件实现双向互通。
五是推动台湾地区产品快速进入。对台湾地区生产的农产品、水产品类实行先验放、后补办相关手续，并实施两岸海上客运航线“客带货”。检验检疫方面，对台湾地区生产的农产品、食品等试行快速检验检疫模式；实施“快审快核”标签审核，简化审核内容9成，审核时限缩短为1个工作日。对平潭小额商品交易市场销售的台湾地区生产水果实施“边抽样检验、边上架销售”。厦门对台湾地区输往大陆地区食品实施“源头管理、口岸验放”。
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