功能定位方面。“两体系一枢纽”战略规划的深入实施，离不开大宗商品的流动和临空高增加值产业的支撑。在没有国家特殊支持的情况下，河南能否自我加压、勇于创新，在大宗商品自由贸易化和有序承接战略性新兴产业和高技术产业转移方面找到突破口，找到“建设大枢纽、发展大物流、培育大产业、塑造大都市”的有效实现路径，是河南自贸试验区建设面临的首要问题。
战略协同方面。拓展郑州机场航空枢纽功能、发展临空经济，是“两体系一枢纽”建设的重中之重。但郑州自贸片区并未涵盖郑州航空港经济综合实验区，如何创造性地把河南自贸区的政策适用于航空港经济综合实验区，使两者有机衔接，为“两体系一枢纽”建设协同发力，是对自贸区探索者视野、胆略和智慧的考验。此外，“三区一群”战略体系内也面临着主导权、资源配置、合作机制的统筹协调问题，应未雨绸缪预作安排。
营商环境方面。对标国际一流营商环境，河南自贸区需要重点打造廉洁高效的政务环境、诚信规范的市场环境、互利共赢的开放环境、完备优质的要素环境、功能完善的设施环境、温馨包容的社会环境和公平公正的法治环境。当下最迫切的是法治环境打造。如何在短时间内完成必要的机构设置、人员配备和机制构建，为自贸区建设提供法律服务和法制保障，是迫切需要解决的问题。(www.xing528.com)
服务贸易方面。河南省的货物贸易发展仍以加工贸易为主，科技含量低，国际竞争力不强，货物贸易对于服务贸易的促进作用主要表现在服务贸易的进口，而对服务出口则没有显著带动作用。货物贸易面临越南、菲律宾、印度等劳动力成本更为低廉国家的挑战，也面临美国、欧洲不时兴起的民族主义风潮的冲击，如何在促进服务贸易发展方面重点发力，实现货物贸易和服务贸易融合发展，是有关方面不可小视的问题。
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