按照总体方案来看，在功能定位上，广东自贸区立足于内地与港澳经济深度融合，以制度创新为核心、以深化粤港澳合作为重点，依托港澳、服务内地、面向世界，建设粤港澳深度合作的示范区，“21世纪海上丝绸之路”的重要枢纽和全国新一轮改革开放的先行地。
目前，政府官员和学者关于广东自贸区的定位主要是集中在粤港澳合作，这与当时按照“粤港澳自贸区”申报有一定关系。其实，当时申报时与其他省市一样，可能从希望先拿到试点资格的策略性考虑。在国家层面相关部委和核心部门强调要突出区域特色的情况下，各地上报自贸区的材料大多是突出本区域内较为突出的事项，尤其是将涉及国家战略层面的事项作为特色，以便为自己的申报增加分量，提升成功的可能性。当时，广东申请粤港澳自贸区很重要的一条，就是利用自己濒临港澳的优势，港澳对内地来说又具有非常重要的政治经济和特殊的战略意义。因此，将此作为特色进行申报，使用“粤港澳”的称谓，希望以此在新一批自贸区中赢得一席之地。后来慢慢有所转变，在名称上不再使用“港澳”，这当中包含了不少思考与方向调整。过去一直是香港在引导珠三角的发展，而现在改变成对等关系。在金融、航运等产业上，香港无疑具备优势；而在装备产业、高新技术上，珠三角也在逐渐形成主导的位置。近年来由于香港担心与广东合作形成竞争，并造成本港产业空心化，粤港两地的合作并没有很大进展。在与广东的合作上，香港主要是“想要土地”，澳门也有同样的考虑。随着经济总量的上升，广东也存在某种自满情绪。这些因素都在阻碍三地合作共赢的深入。如果这些理念得不到有效解决，广东自贸区想要取得大步前进，并且在粤港澳合作上有重大突破，将会面临不少的困难。(www.xing528.com)
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