制定运价的一般程序是首先确定一个基本的运价率，然后在此基础上根据不同的货类、不同的运输要求确定不同货类的运价级数和级差率，确定运价里程，从而最终形成一份详细完整的运价本。其中，基本运价率能否科学地确定是关系到运价体系合理性的关键所在。基本运价率的确定是以运输价格的构成为基础的。具体而言，就是对运价构成中运输成本的正确核定和盈利水平的合理确定。
1. 运输成本的核定
运输价格是运输价值的货币表现，运输价值是运输价格的基础，运输价值是物化在运输产品的社会劳动，是运输劳动者在实现货物空间位移过程中所耗费的物化劳动与活劳动的总和。运输价值也同其他产品价值一样由以下 3 部分构成，即已消耗的生产资料的转移价值C、运输生产者为自己劳动创造的价值Y、运输生产者为社会劳动创造的价值M，其中（C＋Y）是生产运输产品的必要劳动消耗，被称为水路货物运输成本。
需要指出的是，为使水运成本正确地反映水运生产的社会必要劳动时间的耗费，在制定运价时就不能以个别企业的成本为测算依据，而必须以行业平均成本作为测算的依据。即在正常的生产和经营前提下，将行业内各水运企业产品的个别成本进行加权平均而得。
2. 盈利水平的确定
盈利是水运运输产品价值中M（包括利润M1和税金M2）部分的货币表现，盈利额的确定实质上是国民收入的各部门之间的分配问题，关系到如何正确处理国家、企业、个人之间的经济利益。对水运部门来说，就是按什么样的盈利水平作为计价的基础。运价中盈利水平的确定方法，主要有工资型、成本型、资金型和复合型等 4 种方法。
（1）工资型运价，是按社会平均工资利润率来确定利润。
式中：P—— 运价；（C+V）—— 运输成本；V—— 水运部门活劳动消耗的平均工资；∑V—— 社会工资总额；∑M1—— 社会利润总额；M2—— 税金；
—— 社会平均工资利润率。
（2）成本型运价，以社会平均成本利润来确定货物运价中的利润。
式中：P—— 运价；(C+V)—— 水运货运部门平均成本；∑(C+V)—— 社会产品成本总额；
—— 社会平均成本利润率。
可见货物运价中的利润M1，则为：
（3）资金型运价，以社会平均资金率来确定货物运价中的利润。(www.xing528.com)
式中：P—— 运价；G—— 水运货运部门平均占用资金。∑G—— 社会产品占用资金总额；
—— 社会平均资金利润率。
可见货物运价中的利润M1，则为：
（4）复合型运价，是按社会平均工资利润率和平均资金利润率来确定货物运价中的利润。
式中：P—— 运价；(C+V)—— 水运货运部门平均成本；(V+G)—— 水运货运部门平均占用的工资和资金额；∑(V+G)—— 社会工资总额的社会产品占用资金总额。
水运货运运价中的利润为：
（5）分析比较。以上 4 种方法确定运价中的利润Ml，并确定价格，各自均有不同的特点。
首先，用社会平均工资利润率来确定利润，制定货物运价，把产品价值中的利润同工资联系起来，认为M和V都是活劳动创造的，工资额的大小，反映了产品中活劳动的消耗。按此法定价的前提条件是工资能准确地反映活劳动消耗，否则将会造成凡是占有活劳动量多的企业其利润就多，反之则少。
采用社会平均成本利润率来确定利润，制定货物远价，此方法简便，为我国水运企业采用。采用这种方法，可以促使企业充分利用设备，提高劳动生产率，提高经济效益。但是，其缺点也是明显的，如处理不当，成本越高，利润越高，造成为追求高利润而乱增成本，导致运价严重背离运输价值。
采用社会平均资金利润率来确定利润，制定货物运价，此法将占用的资金同盈利联系起来。它要求等量资金带来等量盈利，可促使企业合理使用资金，提高资金利用效益，促进技术进步，从理论上来讲，此法实质上是按生产价格定价。但目前我国尚未具备价值转化为生产价格的条件，尚需各部门的利润率趋于平均化。因此，应促进资源优化、市场竞争和资金转移，促使各生产部门利润平均化，最终使各行业得到按平均的资金利润率计算出的利润，制定价格。
采用复合型的运价，以平均工资利润和平均资金利润率确定利润，制定货物运价。此法理论上比较全面反映了职工和技术装备的作用，但在实际上由于影响因素多且经常变化，因此以此法制定价格较困难。
应该指出，按以上各法确定利润并制定运价时，应考虑水运市场供求变化及有关影响因素，经适当修正后再确定。
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