在财政部原部长张劲夫的眼里，钱三强是有一点书生气的人，他很直爽，有意见就提。但这既是缺点又是优点的东西，让钱三强吃了几次苦头，其中就包括去河南信阳参加四清生活。
1956年，钱三强带领40多名工作者在苏联实习考察。刚从美国回来的钱学森，也来苏联和钱三强一同考察。1957年，帮助全党整风的大鸣大放开始。这时，中国驻苏联大使刘晓奉命来找钱三强、钱学森，征求他们对党内整风的意见。钱三强谈到当时的情景说：“学森刚从美国回国不久，对情况不够了解，就不谈什么意见吧。”这时的钱三强，已经参加工作9年，入党也有3年了，他很深沉地说：“我自认为，党对我十分信任。我既然参加了这个组织，就应该爱护这个组织。党要求我帮助党整风，又派人来征求意见，我应该讲出真心话。”当时满腔热情，没有任何顾虑。
他向刘晓提议，中国应该吸收法国、苏联由科学家自己来管理和领导科学院的经验，改进体制，充分信任知识分子，让他们有职有权，业务和行政工作可以由科学家自己来负责，党的工作可以抓思想教育，协助科学家搞好工作。他还具体说明：“如果体制上不好马上动，可以选拔几位有才干的科学家到领导岗位上来，参加领导工作，这会很有力地推动科学事业的发展。”
钱三强是坦率的、真诚的，可他善意之议，却被一些人认为是不尊重党的领导，是反党言论，要将其划为右派。后来，在毛泽东、周恩来和聂荣臻的保护下，钱三强才侥幸没被戴上“右派分子”的帽子。
1962年，中央在北京召开七千人大会。毛泽东在会上做了检讨，说自己要退居二线，由刘少奇、周恩来等负责第一线的领导工作。在同年召开的广州知识分子会议上，周恩来兴高采烈地宣布“知识分子已经是工人阶级的一部分”，陈毅元帅还为知识分子脱帽加冕，行鞠躬礼。(www.xing528.com)
钱三强在科学院传达会议精神时，心情激动。联系实际，他讲了如下一段话：“聂荣臻元帅说，他要当科学家的后勤部长。我们有些支部书记不是这样。他们不积极帮助科学家解决困难，只知道看档案、抓批判、搞运动，实际上是起了阻碍作用。”此言一出，当即引起很大震动。有人翻出“反右”的旧账，认为钱三强如此行为是更加露骨地反对党的领导，加之钱三强在国外留过学，有不同寻常的海外关系，有人建议将钱三强调离二机部（第二机械工业部），不再参与原子科学的攻关。
为了弄清问题，周恩来亲自到二机部听了一天情况汇报。摸清情况后，聂荣臻代周总理宣布：“你们连钱三强也不相信，你们还能相信谁？”庆幸的是，在周恩来的干预下，调出钱三强的计划没能实现。调出不行，但思想教育可不能少，于是便出现了文章开头，钱三强以“徐进”身份参加四清教育的情形。“四清”下来后，钱三强的心得是：思想、劳动双丰收。不久后，钱三强与何泽慧又被双双送到陕西郃阳五七干校参加劳动，在那“广阔天地”里，他们“大有作为”。好在噩梦终有结束的一天，“四人帮”被打倒后，钱三强重又恢复了工作。
1982年，年近七十的钱三强在接受记者采访时，借用了马克思的一段话回顾了他对原子能事业的坚持与热爱：如果我们选择了最能为人类福利而劳动的职业，我们就不会为它的重负所压倒，因为这是为全人类所做的牺牲；那时我们感到的将不是一点点自私而可怜的欢乐，我们的幸福将属于千万人，我们的事业并不是显赫一时，但将永远存在；而面对我们的骨灰，高尚的人们将洒下热泪。十年后，钱三强心脏病发作去世，享年79岁。
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