协议转让这种重组方式对小股东合法权益的保护是不利的，公平原则在这种情况也就很难体现，鉴于此，《公司法》在这一方面也有规定，我国《公司法》规定协议收购违法，这是在《公司法》第一百四十四条规定的。但是由于协议收购对于解决股票流通问题有一定的现实意义，特别是针对协议收购法人股、国有股的问题特别明显，因此《证券法》规定：“协议收购可以在上市公司中实施”。在协议收购还没有取得批准之前，早已经占有一席之地，因其具有价格与信息披露双重优势。协议收购主要表现形式为转让国有股权，在这种情况下小股东的利益很容易会造成伤害。由于控股权的相对比较集中，这是对利益公平机制的不良影响，由于股权相对集中在大股东手中，且根据我国经济体制中规定法人股、国家股不能在二级市场上流通等因素，使上市公司现阶段在选择多样化收购渠道的时候，不可避免地破坏了利益公平机制，从而对小股东有一定程度的影响。内幕操作使得转让结果更加难以体现公平原则。
国有股或法人股在上市公司资产重组转让时，投资款本应该一次付清，但因巨大转让金额，对于新的大股东来说很难一次性付清。这就容易产生股权转让投资款付款不到位，导致了股权纠纷的发生。换句话说，也就是一些新的大股东有意识付一部分现金，其余款以固定资产、存货或者其他项目来抵。股权转让在这种情况下只能采取分期付款的办法，只须付少量资金大股东便可能控制上市公司。同时由于公司上市壳资源较为稀少，使得社会各方比较喜欢上市公司的股权，一些大股东只付了首期股权转让款，就把上市公司股权拿去质押套现，再用此资金到二级市场与其他机构投资者炒作股票，在二级市场获取利润。资产重组就等于资源在市场经济的调控中重新优化配置，因此一般情况下资产重组会伴随着股票价格上涨，在战略重组中尤为明显。当股市处于好的阶段的时候，其涨幅度会非常喜人。这种资本运作模式如果运作成功，就能在二级市场上获得好的收益，得来的收益用于支付后续的股权转让款。如果二级市场形势不好，故意欺诈是大股东的初衷，股权转让的后续款项不能及时付清，股权纠纷就很容易发生。(www.xing528.com)
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