基于以上分析，综合运输规划的过程应当遵循以下思想：
首先，要从整体上分析预测全运输方式的需求。实际上，运输需求源于社会经济发展与居民生活需要，运输需求是一种客货位移需要，其诞生伊始并没有运输方式含义。从规划层面来看，运输需求的属性是研究如何满足这些需求的供给设计的关键。运输需求属性不仅包括需求产生的时间与空间特性的要求，也包括其经济属性，决定着可接受的运输供给的成本范围，还包括其位移过程的安全与舒适性等方面的要求。
其次，规划过程需要对运输需求的方式选择有一个预评估。综合运输规划是一个多方式发展规划，其最终必须要落实到分方式发展规划与建设项目；而落实到不同方式的依据是方式选择或方式分担的预测结果。
从既有的规划方法上看，最常用的是四阶段规划方法。第一、二阶段是对需求的总体把握，不涉及满足运输需求的具体方式与实现过程。这两个阶段的工作可以认为是确定整个综合运输系统发展规模的基本依据。第三、四阶段进入分方式需求分析，是决定各方式发展的依据，决定着综合运输系统的结构，最终实现供需的平衡。[3]
从方法论上看，综合运输规划应坚持两个重要理念：(www.xing528.com)
一是要坚持从总体到局部再回归总体的思路。由第一、二阶段到第三、四阶段的过渡，强调初始的需求是总体的、不分方式的，它决定了整个运输系统的发展规模，可以为综合运输规划过程提供目标与原则等指导性依据；由第三、四阶段到第一、二阶段的反馈则强调分方式的集成要满足平衡要求，是综合运输规划过程中分方式协调发展的重要环节，可以避免重复建设与投资浪费。
二是要兼顾不同方式间竞争性与互补性共存的特点。尽管不同方式有不同的适用范围，但这些范围在特定的环境下具有不同程度的重叠，因而体现了这些方式之间竞争性（重叠）与互补性（非重叠）共存的基本特征。综合运输规划需要促进方式供给结构与交通需求相匹配，实现有限资源的充分利用。
在实际工作中，出现一些由单方式规划的机械叠加而形成的综合运输规划，这类规划虽然形式上包括了各种方式的发展方案，但由于各单方式规划过程中通常没有从整体上考虑其他方式的发展，也很少探讨方式结构优化问题，因此很难体现综合运输的内涵，从严格意义上来说，不能视为综合运输规划。
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