1979—1991年是深圳港的起步发展阶段，在这一时期深圳出现了第一轮建港高潮。1979年，国务院批准香港招商局在南山半岛独资开发蛇口工业区，蛇口港区也随着蛇口工业区的开发拉开了建设序幕。继蛇口港区之后，赤湾、妈湾、下洞、沙鱼涌等港区先后投入使用，保障并推动了以工业原材料和城市建材为主体的港口吞吐量的高速增长。20世纪80年代末，深圳港己开始从事远洋运输业务，深圳港口业务范围扩大到世界主要的工业发达国家和地区。到1991年，全港货物吞吐量达到了1563万吨，比改革开放初期的1979年增加了约80倍，并一跃成为全国沿海十大港口之一。
1992—2000年，深圳港进入结构和布局调整阶段，除继续承担大宗能源、原材料和城市建材的运输任务外，新建了盐田、赤湾等专业化集装箱港区，较好适应了腹地集装箱运输迅猛增长的需求，基本改变了本地外贸集装箱货物全部到境外中转的局面。到2000年，全港集装箱吞吐量399万标箱，成为全国第二大集装箱干线港。(www.xing528.com)
2001年以后，深圳港进入迅猛发展和功能提升阶段，实施了西部集装箱港区的资源整合，重点建设了一大批集装箱、多用途泊位，对盐田、蛇口及赤湾进行了扩建，并新建了大铲湾港区，建设了国内第一个LNG专用码头。同时通过铜鼓航道、西部公共航道及多个物流园区、保税港区等配套工程，提升了港口的功能，积极向第四代港口转变。自20世纪80年代末以来，深圳港发展迅速，特别是进入21世纪以来，深圳港的集装箱吞吐量除2009年受全球金融危机的影响有所下降外，一直呈井喷式增长。自2003年开始，深圳港连续十年在全球集装箱港口中排名第四位；特别是在2013年，深圳港的集装箱吞吐量首次超过香港，成为世界第三大集装箱干线港；2017年，深圳港集装箱吞吐量达到2510万标箱，位居世界第三。
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