（一）水价形成机制不合理。长期以来，水没有真正作为商品来看待。水利工程水价低于供水成本，供水管理单位长期亏损，水利工程老化失修。城市水价构成中，主要只考虑了净水成本补偿，对供排水管网和污水处理成本补偿不足。水价没有建立根据市场供求和成本变化及时调整的机制。两部制水价、超定额用水加价等促进节约的水价制度在水利工程、城市供水中未普遍推广使用。
（二）供水管理体制不合理。农业灌溉斗渠（国有水利工程与农民集体产权分界点和计量点）以上供水由国有水管单位管理，价格由政府价格主管部门核定。斗渠以下供水由乡村集体组织自行管理，水费由基层管水组织或乡村干部按亩计收，计量手段落后，收费不规范，缺乏有效监督。由于农渠多为土渠，自然损耗率高，加之管理不善，这部分成本均由农民分摊加价，加重了农民负担。城市供水大多企业政企不分，管理薄弱，导致城市供水企业粗放经营，成本偏高，服务质量欠佳，自我积累能力差。供排水设施建设和管理落后，供水管网年久失修，管网漏失率较高，污水处理能力不足，排水管网配套较差，严重制约城市的发展。
（三）供水价格偏低。水利工程供水价格普遍偏低，亏损程度严重。1999年中央水利工程干渠首供水价格平均每吨1.5分，每吨亏损1.8分左右；地方水利工程斗渠出口供水价格平均每吨3分，每吨亏损1.7分。1999年全国36个大中城市生活用水价格平均每吨1.14元，总体上为保本经营，但部分城市供水亏损。已征收污水处理费的城市，平均标准在每立方米0.2～0.3元，不能保证污水处理设施的正常运行。(www.xing528.com)
（四）终端水价秩序混乱。农业供水中，一方面国有水管单位收缴水费困难，实收率低，另一方面由于政府部门监督不力，乱加价、乱收费现象严重，基层各级政府和有关环节多收少付，坐支挪用，层层加价，加重了农民负担。个别城镇的供水也不同程度地存在搭车加价和收费现象。
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