《水费办法》的颁布，打破了水利工程无偿供水的陈旧观念，对推进水利工程维修、养护起到了一定作用，是水利改革的一大进步。但随着改革的深化和各方面条件的变化，《水费办法》的许多内容已不能适应改革和发展的需要。由于《水费办法》没有明确供水按商品定价和收费，而是按行政事业性收费管理，收费主体不明确，因此在水费的收取及使用管理方面存在许多问题。
1.水费计收中存在的问题
（1）终端收费秩序混乱，缺少监督。现行农业供水管理体制一般是国有水管单位管理斗渠以上渠道，政府一般只制定国有水管单位供斗口的水价标准。末级渠系的水价由乡镇干部、村组干部决定，既没依据文件报地方物价部门批准，也未征求用水者意见，用水者对定价、加价的因素和水费使用情况基本不了解，故用水者缴纳水费的自觉性普遍不高。这种管理体制导致的结果是，一方面政府顾虑农民负担问题，把国有水利工程供水价格定得很低，供水经营者亏本运行；另一方面农民实际负担水费并没有减少，中间乱加价和搭车收费现象严重。
例如：西北地区某村把护林费、灭虫费、计划生育费和教育费等搭车到水费上收取，1998年应收水费2.7万元，实收6.6万元，村里多收3.9万元，超过应收水费144%。而南方某灌区1994年至1996年共向某县供水2.02亿m3，合同供水价为每立方米1.2分，应收水费242.4万元，而农民实际缴纳水费1440万元。即使考虑到水量损耗的问题，也有1000多万元属于搭车收费或被中间环节截留。
（2）农业用水普遍没有实行计量收费。农业供水特别是在末级渠系最终给农民供水环节普遍没有实行计量收费，绝大部分地区仍沿袭按亩收费的办法。按亩收费不利于农民“水利工程供水是商品”意识的形成，水费与用水多少没有直接关系，导致农民和水管单位均没有节水积极性，助长了水资源的浪费。同时按亩收费的方式也给水费收取带来极大的困难，供水经营者与用水户在用水量和供水面积上的纠纷层出不穷。
（3）按合同计收水费的意识不强。按合同计收水费是供用水双方共同协商签订供水合同，供水经营者按合同规定按时按量供水，用户则依据合同按时缴纳水费的一种计费方式。由于水费长期按行政事业性收费管理，加上深受传统计划体制的影响，许多供水经营者合同意识不强，供水服务和收取水费没有合同约束，导致供水经营者供水服务质量的约束和激励，用水户交费积极性不高，拖欠、不交水费现象时有发生，而供水经营者又无必要的措施改变这种状况。
由于以上几个方面的共同影响，加上供水体制不顺和行政干预等原因，导致水利工程水费实收率总是处在较低水平。据对全国百家水管单位调查显示，1999年至2001年，农业水费实收率达到75%以上的单位约占50%；实收率在50%～75%之间的占30%；仍然有20%的水管单位水费实收率低于50%。2001年，全国百家水管单位农业水费的平均实收率为66%。
2.水费使用中存在的问题(www.xing528.com)
（1）平调、挪用水费现象严重。水费性质被确定为行政事业性收费，纳入预算外资金管理，水管单位对自身计收的水费没有资金自主支配权。有的水费不能按规定落实到位，有不少水费用于了弥补水行政主管部门的经费不足和地方财政统筹，如某省水管单位的支出约占总水费收入的75%，收费使用范围外的水利工程支出占5%，水行政主管部门支出8%，政府及财政调控2%，乡镇水利站支出6%，库区扶贫等其它支出4%。
另外，在许多地方都不同程度地存在着乡政府及其有关部门、村组干部截留、挪用水费的问题，有的地方甚至相当严重。
（2）供水经营者内部制度不健全，水费支出不合理。一些单位内部规章制度不健全，不完善，缺乏内部监督约束机制，办事程序不规范，手续不清，单位财务收支失控；一些单位财经纪律淡漠，任意伪造虚假的会计凭证、会计账簿、会计报表，甚至还有极少数财会人员违反会计职业道德，不认真履行会计监督职责。由于供水经营者内部制度不健全，水费使用有滥花滥用现象，没有按照《水利工程管理单位财务制度（暂行）》执行，随意扩大开支范围，变更水费使用用途，不能使有限的水费发挥其应有的作用。
3.水费计收和使用管理不规范造成的不良后果
（1）水费收取率较低，加上挪用现象严重，水利工程无法正常运行。长期以来，水价低于供水成本，而且收取率低，再加上挪用严重，供水经营者水费收取严重不足，致使长期亏损。水利工程的维修、养护和更新改造缺乏资金来源，造成工程老化失修严重，效益衰减，严重影响水利工程的可持续运行，进而影响了水资源的可持续利用。据调查，某大型灌区工程完好率为70%，部分灌区仅为50%左右。另据对某灌区2500座建筑物调查，其老化失修报废率达29.4%，渠道冲淤严重漏水长度占29%，严重影响和制约着水利工程效益的发挥。同时，水费计收中的问题无法使投资者获得合理的回报，社会投资者不看好供水市场，供水工程项目很难吸引社会各方投资建设和更新改造供水工程。
（2）花费更多的更新改造和修理费，最终增加财政和用水户负担。修复破损工程要比正常维修花费多得多的资金，浪费更多的资金。对这一点水管单位和水行政主管部门是有共识的，一些用水户也有深切地感受。低水价会造成供水管理单位水费收入不足，政府又不补贴费用，经费不足难以开展日常维修养护及维修，水管单位只能咬牙拼设备、拼工程，设备年久失修，超期服役，形成恶性循环，不但日后更新改造需花费巨额资金，甚至可能给工农业生产造成巨大损失。例如，西北某省一大型灌区在20世纪90年代某一次春灌中，有一大型渡槽由于年久失修，其支柱突然开裂，出现险情，不得已停止了灌溉，等修好以后，已错过了春灌季节，给当地农业生产造成巨大损失。
（3）中间环节的加价收费和乱收费导致农民不合理的水费负担沉重。农业用水水费收取中间环节的加价和乱收费，使农民所交水费远高于应交水费，增加了农民不合理的水费负担，造成农民对水费的不理解，也进一步影响了农民的交费积极性，增加了水费计收的难度。
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