《水费办法》打破了无偿供水的陈旧观念，对规范水利供水工程有偿供水具有重要的意义。但在计划经济条件下，人们对水利工程供水的商品属性认识不足，《水费办法》实际上是将水费当作行政事业性收费管理。这种管理模式，忽视了水利工程供水的商品属性，造成水价调整机制缺乏灵活性、水价管理事权划分不清、计价方式单一等许多问题。结果是水价偏低，水费计收困难，水利工程运行、维护和管理经费短缺，工程状况恶化，难以持续运行。
1.水价管理事权划分不清
当水价由政府制订时，政府的事权划分对水价工作有重大影响。按国务院《水利产业政策》规定，水价由县级以上人民政府价格主管部门会同水行政主管部门确定。而实际工作中出现的情况错综复杂，存在很多问题。
许多地方尚未进行水价管理事权划分，仍实行全省统一的供水价格。水价管理体制弱化了水价调整水资源供求关系的杠杆作用。由于水价管理事权边界不清、责任不明确，一些地方的水价改革明显滞后。
2.水价调整机制不灵活
水价特别是农业水价定价难、调价难，一定多年不变。大部分地区的供水价格没有达到供水成本，导致社会资本投资水利工程无利可图，完全依靠国家投资建设水源工程的局面无法得到根本改变。究其原因：一是对“水利工程供水是商品”的认识十分淡薄，把水利工程供水作为政府管理的公益事业，无偿或低偿提供服务的传统观念仍然存在；二是定价权高度集中，地方水价的定价和调整权力集中在省级人民政府，造成水价调整不灵活；三是一些地方政府核定水价时存在短期行为，为眼前利益，忽视水利工程的良性运行和工程更新改造。
3.水价计价方式单一(www.xing528.com)
大部分水管单位仍然执行单一的水价标准。两部制水价、超定额用水累进加价和丰枯季节水价等科学的计价方式没有得到推广应用。单一的计价方式，不能反映当地水资源的稀缺程度，更无法保证水利工程的运行和维护的费用。
科学的计价方式得不到很好的实施，其主要原因是缺乏可操作的实施细则。农业用水两部制水价在《水费办法》中有原则性的表述，但两部制水价的实施细则却没有制定。各地在试行两部制水价时，形式五花八门，既不规范也不科学，再加上监督不力，一些乡村基层组织利用基本水费搭车收费的现象时有发生，造成用水户和社会对两部制水价认识上的误解，认为基本水费是不合理收费。一些地方甚至在清理整顿涉农不合理收费中取消了基本水费。此外，推行超定额用水累进加价的前提和基础是制定科学、合理的用水定额和具备计量条件，但这方面的工作显然滞后于水价改革进程。
4.水价水平仍然偏低，且执行不到位
自《水费办法》颁布以来，各省、自治区、直辖市均多次调整水价标准，但总体水价水平仍然偏低，绝大多数地区水价远没有达到供水成本水平，多数灌区现行农业水价只有供水成本的30%～60%，个别地区甚至无偿供水，大多数供水经营者亏损严重。
5.末级渠系水价秩序混乱
我国国有灌区水价由政府制定，标准普遍偏低，供水经营者亏本运行，而相当一部分地区农民实际负担水费却居高不下。主要原因是末级渠系水价秩序混乱，中间加价、搭车收费现象严重，给农业水价改革带来了极大的阻力。
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