长江口拦门沙挡道，然而当时进港船只多在万吨以下，若不触滩搁浅，尚无大碍，铜沙浅滩处航标的设置，减少了过往船只搁浅的危险，因而长江口拦门沙对港口的发展尚不构成严重威胁，突出的则是吴淞口内外沙的阻碍。时任苏松太兵备道冯浚光记述：“吴淞口，江浦合流处也。吴淞江在宋时宽可数里，明归熙甫太仆所见尚数十丈，今狭才如带，合流处始渐侈大，而沙带纵横，商船病之。余备位时曾议开浚，费巨未果。”[86]与长江口不同，吴淞口水面狭窄，过往船只避让浅滩相对困难，轮船通行尤为不便。
1872年，旗昌、怡和、大古等轮船公司联名致函海关总税务司赫德，要求疏浚吴淞口内外水底沙洲。赫德对问题解决的前景态度悲观，认为疏浚或许能治标但不能治本，“它既不能保证上海得到一条可通行的航道，也不能保证上海商业持续繁荣”。他甚至认为泥沙淤塞会断送上海港的前程，“二十年内镇江将成为（进出口商品）半终点站或货物转运站，取上海的地位而代之”。[87]赫德所言未免夸张，但也反映淤塞已不容回避。奕訢等清朝官员则认为“吴淞所涨沙乃是天生地设，将来设有外警，中国正可藉为保卫沪城之门户”。结论是“疏浚吴淞既无裨益大局，反而有致损于社稷，危中国之外卫，而又加国帑之糜费”。[88]因而对疏浚的提议反应冷淡，态度敷衍，但终于不敌外国的压力，1882年从英国购买“安定号”挖泥船，次年投入使用；后又添置“开通号”拖轮和3艘铁壳泥驳。然而工程进度缓慢，“挖泥船是开动了，但是人们却发觉挖泥本身不过是一种敷衍塞职的手段，因而效果是很小的”。[89]
对内河干道吴淞江的疏浚，清政府地方官员态度较积极。1890—1891年由地方官府主持，雇佣数千人手挖肩挑，“着手疏浚位于上海与省会（苏州）之间的大水路苏州河。离租界不远的苏州河上游的一段完全用水坝拦住，所有进入该段的支流也同样被堵塞”。排干河水后，将淤泥挖出。“工程完毕时，支出的费用已达几十万两银子。”[90]这次较大规模的疏浚，为该河段日后靠泊内河轮船提供了有利条件。(www.xing528.com)
1895年后进出上海港的大型船舶增多，吴淞口淤塞问题更为突出。“黄浦江的两个沙洲——外沙在最低水位时大约水深十六英尺，而相对应的内沙水深仅十一至十四英尺——是进入港口的主要障碍。由于来本港的船只不断趋向大型化，近年来这些船只必须等候高水位或在吴淞雇用驳运船，愈来愈感到不方便。”[91]1899年在沪外商绕开清政府自组一个9人委员会，着手处理黄浦江的疏浚。[92]1901年的《辛丑条约》塞入黄浦江疏浚事宜，规定“设立黄浦河道局，经营整顿改善水道各工，所派该局各员均代中国暨诸国保守在沪所有通商之利益”。疏浚预估20年，费用每年约需46万海关两，由中国和有关各国对半分担。另附有详细规定，确认包括疏浚在内的黄浦江航道管理权均由该局统辖。其成员除上海道列名外，余均为外国人。[93]
两江总督刘坤一持保留意见，认为“无论如何，水路、水上警察、引水事务、船只停泊等项控制权，须掌握在作为清朝政府代理人的海关手里”[94]。握有长江流域势力范围的英国人暗中呼应，后经英籍海关税务司贺璧理斡旋，于1905年9月改订了有关条款，规定在清政府承担全部费用的前提下，各国答应所有改善及保全黄浦江河道并吴淞内外滩各工，统由江海关道及税务司管理，“上海领事团则保留咨询和批评的职能”[95]。同年12月黄浦河道局成立，次年聘请荷兰人奈格主持航道疏浚。1907年12月，在高桥沙的上端开出一条15英尺深的水道。1909年5月，疏浚工程已使英国“阿斯特雷号”轮在高水位时以吃水23英尺顺利通过。同年7月1日始，进出上海港的客货轮均改走这条航道。1906年至1910年，对吴淞口内外沙的治理共耗资700万两，“疏浚后的航道在低水位时水深十九至二十英尺”。[96]上海港有了一条比较稳定的深水航道，可供5000吨级船舶常年通行，维护了港口的发展势头。延至1924年，黄浦江整治工程告一段落，万吨级船舶能每日乘潮进出上海港。[97]
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